NAMD的轨迹转换为GROMACS可用文件后使用最新的李老师MM/PBSA脚本计算结果出现正值

violet

首先，我是NAMD跑得蛋白RNA复合物的轨迹，而后我将其转换成了相应.XTC轨迹，以及获得了对应的.TPR文件，使用李老师最新发布的能够考虑屏蔽效应以及熵的脚本进行的计算MM/PBSA
但是我得到的结果能量dG却是正值，这不就成了蛋白质和RNA二者不适合结合吗，但是我找到了相应的实验证据是二者能够很好的结合，同时模拟的轨迹也显示这两者并没有分开，我也检查了相应的步骤和渔具，但是就是一直正值，请问有人遇到类似的问题吗？是怎么解决的？已经困扰太久了，拜托大家看的给点建议~
图片解释：第一列是我选了十帧结构，然后主要看（）中的数值，（）里的表示考虑了屏蔽效应的结果，括号外的没有考虑，所以不够准确，我的结果就是加了熵变的值之后能量dG就变成了正值

wuzhiyi

想问一下李老师的脚本是什么啊？求分享。

lyj714

你为啥要用屏蔽，你的体系盐浓度是0.15 M？原本是高带电体系么？？如果不是就不要盲目的认为考虑屏蔽就一定合理。熵计算也只是相互作用熵，来自duan的那篇jacs中的方法，和我们通常认为的熵区别很大，你也要看是否是你需要的。

violet

wuzhiyi 发表于 2021-5-9 04:03
想问一下李老师的脚本是什么啊？求分享。

https://jerkwin.github.io/2021/0 ... %E8%B4%A1%E7%8C%AE/去这里有详细的介绍和脚本链接

violet

lyj714 发表于 2021-5-9 08:41
你为啥要用屏蔽，你的体系盐浓度是0.15 M？原本是高带电体系么？？如果不是就不要盲目的认为考虑屏蔽就一定 ...

首先很感谢您的回复，对于屏蔽效应这个考虑，我是从李老师给出的例子的以及我现在括号内外的结果看出的，却是考虑屏蔽效应前后差别很大，不过对于您说的考虑屏蔽这一点确实给了新思路，我会查一下体系是否属于高带电体系
另外对于您说的熵的方面，没太明白您的意思，是指熵的计算不准确所以不要吗，还有那篇文献是哪个，我只看到了李老师脚本哪里的这四篇
1. Samuel Genheden, Ulf Ryde; The MM/PBSA and MM/GBSA methods to estimate ligand-binding affinities; Expert Opinion on Drug Discovery 10(5):449-461, 2015; 10.1517/17460441.2015.1032936
2.Hong-ming Ding, Yue-wen Yin, Song-di Ni, Yan-jing Sheng, Yu-qiang Ma; Accurate Evaluation on the Interactions of SARS-CoV-2 with Its Receptor ACE2 and Antibodies CR3022/CB6*; Chinese Phys. Lett. 38(1):018701, 2021; 10.1088/0256-307X/38/1/018701
3.Huiyong Sun, Youyong Li, Sheng Tian, Lei Xu, Tingjun Hou; Assessing the performance of MM/PBSA and MM/GBSA methods. 4. Accuracies of MM/PBSA and MM/GBSA methodologies evaluated by various simulation protocols using PDBbind data set; Phys. Chem. Chem. Phys. 16(31):16719-16729, 2014; 10.1039/c4cp01388c
4.Martin A. Olsson, Alfonso T. García-sosa, Ulf Ryde; Binding affinities of the farnesoid X receptor in the D3R Grand Challen; J Comput Aided Mol Des 32(1):211-224, 2017; 10.1007/s10822-017-0056-z

lyj714

violet 发表于 2021-5-9 16:13
首先很感谢您的回复，对于屏蔽效应这个考虑，我是从李老师给出的例子的以及我现在括号内外的结果看出的， ...

你看别人的博文要看全，明显后面有提到的思考：

考虑屏蔽效应时, 离子浓度用的是所加盐的浓度(一般为0.15M). 如果模拟过程中没有加盐, 只添加了抗衡离子, 这种情况下还要考虑屏蔽效应么? 此外, 对每一帧NPT轨迹, 严格来说盐浓度也并非固定不变, 我觉得根据每帧轨迹的体积和总离子数目来计算屏蔽长度更说得通

这个屏蔽效应本来是有些人考虑加上以后可能会合理的描述一些高带电体系，目前这篇文章已经发表在了JCIM上：
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jcim.1c00410

第二，相互作用熵来自这篇文章方法，你看脚本中的代码也能明白：
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jacs.6b02682

violet

lyj714 发表于 2021-5-9 16:32
你看别人的博文要看全，明显后面有提到的思考：

这个屏蔽效应本来是有些人考虑加上以后可能会合理的描 ...

嗯嗯呢，非常感谢您的回复，谢谢指点，我确实是着急了，拿来就用，想看到想要的结果就省心了，再次谢谢您~

fhh2626

lyj714 发表于 2021-5-9 08:41
你为啥要用屏蔽，你的体系盐浓度是0.15 M？原本是高带电体系么？？如果不是就不要盲目的认为考虑屏蔽就一定 ...

熵的话可以参考https://www.sciencedirect.com/sc ... i/S0006349504740849