[BURAI]关于计算吸附能时的优化顺序的求助

一束光

本人计算化学菜鸟，有一些基础问题跪求大佬解答。1：我将原胞优化以后，再进行超胞和切面的操作之后，是不是就不需要再进行优化操作了，可以直接进行SCF计算？
2：如何不需要再进行优化，那么添加吸附上的小分子以后是不是也不需要再进行优化？
3：我自己尝试了一下，超胞以后再优化，发现原胞收敛的情况的下，超胞优化是SCF的值可以从负值波动到几倍大的正值，这种情况正常吗？

4：burai里面的optimize和geometry的区别是什么？

非常希望能有大佬帮忙解惑，非常感谢。

喵星大佬

1.一般来说切面之后表面还要优化一下，不过区别是优化块体的时候是vc-relax，切完表面加真空层之后就不再优化晶胞本身了只优化原子位置，就是relax不是vc-relax，同时固定底部原子。

2.吸附了小分子之后当然要优化，不然怎么知道吸附的构型，而且要注意放的位置和方向，可能出现不同的吸附模式。

3.SCF没收敛而已，正常，如果反复振荡注意检查模型合理性，比如原子比例啊，偶极校正啊，磁态等等

卡开发发

1、切面之后，暴露在外部的原子还会发生驰豫，因此切面后的结构优化依然是必要的，而晶胞的矢量不再需要优化。
2、吸附小分子后小分子和表面通常都会发生结构变化，所以也要进行优化，当然摆放的越是合理所需要的优化步数也就越短。
3、超胞的SCF会比原胞或单胞难收敛，如果只是单纯扩胞就导致SCF难收敛，在保证磁矩设置和结构可靠的基础上，可以看看适当减小mixing beta或者mixing mode， 另外有些体系空带数目也有很大影响。

一束光

喵星大佬 发表于 2021-5-18 16:20
1.一般来说切面之后表面还要优化一下，不过区别是优化块体的时候是vc-relax，切完表面加真空层之后就不再优 ...

非常感谢您

一束光

卡开发发 发表于 2021-5-18 17:38
1、切面之后，暴露在外部的原子还会发生驰豫，因此切面后的结构优化依然是必要的，而晶胞的矢量不再需要优 ...

非常感谢。还有一个问题，就是结构优化和晶胞矢量优化的区别。因为我用的是qe的gui（burai），这个区别是不是opimize和geometry的区别啊？

风飞

一束光 发表于 2021-5-18 21:59
非常感谢。还有一个问题，就是结构优化和晶胞矢量优化的区别。因为我用的是qe的gui（burai），这个区别是 ...

建议你建模的时候可以使用这个QE在线工具：http://www.densityflow.com/

这个很方便，并且能实现多种文件的转换，还能切面，扩胞等多种功能

卡开发发

风飞 发表于 2021-5-18 23:21
建议你建模的时候可以使用这个QE在线工具：http://www.densityflow.com/

这个很方便，并且能实现多种 ...

结构方面的处理ase就能做到。

卡开发发

一束光 发表于 2021-5-18 21:59
非常感谢。还有一个问题，就是结构优化和晶胞矢量优化的区别。因为我用的是qe的gui（burai），这个区别是 ...

抱歉，因为BURAI这玩意太难用所以后来我们这边是用了ASE和自己写的脚本混合使用来自动生成的QE输入，所以没什么印象了。不过我印象当中Geometry的选项卡可能是用来设置结构中的原子相关的参数，而Optimize可能是控制构型优化相关的参数，而进行何种计算应该是在左下角的菜单中的Run里面有Job Type的设置，这些你可以再确认下。

风飞

卡开发发 发表于 2021-5-19 00:38
结构方面的处理ase就能做到。

嗯，是的，我使用这个很大的一个原因是，他能在线将QE的输入文件，转换成cif文件，然后在MS中进行下一步建模，

卡开发发

风飞 发表于 2021-5-19 08:22
嗯，是的，我使用这个很大的一个原因是，他能在线将QE的输入文件，转换成cif文件，然后在MS中进行下一步 ...

QE输出的是QE的out文件， 稳妥的方式是用pwoxsf转换成xsf，然后ase convert OUT.xsf OUT.cif
编辑完成存成cif再反过来处理成QE的in，ase convert -o "espresso-in" IN.cif IN.relax.in。
我们这边使用的时候因为有程序能产生参数，所以实际操作是通过ase的Atoms的类和参数直接组合进行写入的。

风飞

卡开发发 发表于 2021-5-19 09:53
QE输出的是QE的out文件， 稳妥的方式是用pwoxsf转换成xsf，然后ase convert OUT.xsf OUT.cif
编辑完成存 ...

嗯，我之前试过使用pwoxsf，不知为什么好像失败了，由于畏难情绪，就参照命令：awk  '/Begin final coordinates/,/End final coordinates/{print $0}' AAA.out  用于提取优化好的结构，这个命令的缺点是只能提取优化成功文件的结构，如果出现不收敛或者其他问题的out文件就提取不出来。

ASE之前了解过，但是没有认真接触过，得好好接触和学习一下

谢谢老师

唉，学海无涯，苦作舟，是真的苦

卡开发发

风飞 发表于 2021-5-19 10:21
嗯，我之前试过使用pwoxsf，不知为什么好像失败了，由于畏难情绪，就参照命令：awk  '/Begin final coord ...

pwoxsf后面的参数挂lc（最后一帧），不要用oc（优化得到的结构）试试。

一束光

风飞 发表于 2021-5-18 23:21
建议你建模的时候可以使用这个QE在线工具：http://www.densityflow.com/

这个很方便，并且能实现多种 ...

好嘞，非常感谢

一束光

卡开发发 发表于 2021-5-19 00:47
抱歉，因为BURAI这玩意太难用所以后来我们这边是用了ASE和自己写的脚本混合使用来自动生成的QE输入，所以 ...

好的，谢谢老师

一条君

卡开发发 发表于 2021-5-18 17:38
1、切面之后，暴露在外部的原子还会发生驰豫，因此切面后的结构优化依然是必要的，而晶胞的矢量不再需要优 ...

您好，请问晶胞优化和结构优化有什么区别呢，晶胞优化同时不也改变结构了吗？
（初学者看到都是先进行晶胞，然后进行结构优化）谢谢