单斜晶系切001面怎么总是切成正交的晶胞？

灰飞的旋律

请教下，怎么才能让MS中切这种单斜晶系时，切出来的面加上真空层后也同样是单斜晶系，我切出来总是正交晶系。是我哪里的参数设置错了吗？谢谢

卡开发发

程序不会切那样的面，简单的做法是维持笛卡尔坐标然后拉高C轴。

wzkchem5

有真空层的体系，讨论晶系是没有意义的。
因为这个带着真空层的体系是单斜还是正交，只影响表面和它的周期镜像之间的相对位置，而不影响表面自己的原子坐标。但是表面的周期镜像本身就是在物理上不存在的，是一个artifact。纠结晶系的问题等价于纠结这个artifact是在表面的正上方还是斜上方，没有任何意义。

灰飞的旋律

wzkchem5 发表于 2021-6-1 19:49
有真空层的体系，讨论晶系是没有意义的。
因为这个带着真空层的体系是单斜还是正交，只影响表面和它的周期 ...

谢谢，我懂您的意思了，不纠结晶系的问题了现在

灰飞的旋律

卡开发发 发表于 2021-6-1 19:02
程序不会切那样的面，简单的做法是维持笛卡尔坐标然后拉高C轴。

我切001面时，您也可以看到蓝色线不和晶胞的白线重合，但我用六方晶系的晶胞切表面时，是完全重合的啊，这样不重合切出来的会不会是不合理的结构

卡开发发

灰飞的旋律 发表于 2021-6-1 21:47
我切001面时，您也可以看到蓝色线不和晶胞的白线重合，但我用六方晶系的晶胞切表面时，是完全重合的啊， ...

这个无所谓，调整下top位置应该就能重合，但是反而不是你需要的结构。蓝色的线只是提供你预览切面的方向和区域而已。