orca不能正常进行任务的运算

xujian · 发表于 Post on 2021-6-29 15:17:24

刚安装的orca程序，用以下单点任务进行调试（见附件test.inp），服务器进程一直处于下图状态，out文件不再更新，请问这个问题如何解决？

test.out (11.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

test.inp (294 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4)

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-6-29 15:21:52

目前ORCA最新版是4.2.1（5.0就快发布了），不建议用4.1.1这么旧的版本。另外，你的MPI版本是否符合要求呢？建议截图展示一下（当然，是换成4.2.1后还有问题的话再来截图展示）

abin · 发表于 Post on 2021-6-29 15:23:24

盲猜，MPI不兼容。

xujian · 发表于 Post on 2021-6-29 15:25:35

abin 发表于 2021-6-29 15:23
盲猜，MPI不兼容。

MPI应该没问题，用的是openmpi313

xujian · 发表于 Post on 2021-6-29 16:05:15

zjxitcc 发表于 2021-6-29 15:21
目前ORCA最新版是4.2.1（5.0就快发布了），不建议用4.1.1这么旧的版本。另外，你的MPI版本是否符合要求呢？ ...

好的，我试试

xujian · 发表于 Post on 2021-6-30 09:14:03

xujian 发表于 2021-6-29 16:05
好的，我试试

您好，我安装了orca4.2.1版本之后，不做并行运算，出现了下图错误，请教如何解决？

abin · 发表于 Post on 2021-6-30 09:28:50

xujian 发表于 2021-6-30 09:14
您好，我安装了orca4.2.1版本之后，不做并行运算，出现了下图错误，请教如何解决？

你之前安装的ORCA也许是搞对的，
如同我之前说的，盲猜， MPI问题。
也许真就是MPI的问题。

做一个简单的测试，清空~/.bashrc中所有用户添加的设定，仅仅保留系统原始设定。
而后，再添加ORCA路径以及配套MPI的路径，
再去测试是否工作。

图片示例是说，你搞了一个python提供的叫做的ORCA的python程序包。

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-6-30 09:51:06

本帖最后由 zjxitcc 于 2021-6-30 09:53 编辑

xujian 发表于 2021-6-30 09:14
您好，我安装了orca4.2.1版本之后，不做并行运算，出现了下图错误，请教如何解决？

这个截图的意思是系统自带一个/usr/lib64/python2.7/site-packages/orca/orca.py，大多数系统确实自带这个东西；类似地，系统还自带/usr/bin/orca。这些不是量子化学软件ORCA的东西。

原则上我们可以自己卸载掉这些东西。不过，一般不会有影响的。你出现的问题一般是由于你的ORCA环境变量没写 / 没写正确，建议贴出你的ORCA环境变量（截图展示），MPI版本（运行mpirun --version，截图展示）。另外，写完量子化学软件ORCA的环境变量后，不要再export PATH=/usr/bin:$PATH之类的（因为这会再次让系统/usr/bin/orca生效）。

xujian · 发表于 Post on 2021-6-30 10:23:06

zjxitcc 发表于 2021-6-30 09:51
这个截图的意思是系统自带一个/usr/lib64/python2.7/site-packages/orca/orca.py，大多数系统确实自带这 ...

感谢回复，我在root下的.bashrc如图一所示，/etc文件夹下的bashrc也加上了相同内容。

xujian · 发表于 Post on 2021-6-30 10:24:35

abin 发表于 2021-6-30 09:28
你之前安装的ORCA也许是搞对的，
如同我之前说的，盲猜， MPI问题。
也许真就是MPI的问题。

感谢回复！我在回复“zixitcc”的帖子中贴出了.bashrc里的环境变量

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-6-30 10:33:35

xujian 发表于 2021-6-30 10:23
感谢回复，我在root下的.bashrc如图一所示，/etc文件夹下的bashrc也加上了相同内容。

试试把$PATH和$LD_LIBRARY_PATH放到相应的行尾，例如
export PATH=xxxxxxxxx:$PATH

另外，ORCA并行时需要完整路径，为了调用方便，通常使用alias定义别名，例如
alias orca='/xxxxxx/orca'
这样并行时就可以仅写orca了。

abin · 发表于 Post on 2021-6-30 10:40:47

xujian 发表于 2021-6-30 10:24
感谢回复！我在回复“zixitcc”的帖子中贴出了.bashrc里的环境变量

路径顺序不对呀。

默认OpenMPI 不允许root运行

xujian · 发表于 Post on 2021-6-30 13:00:04

abin 发表于 2021-6-30 10:40
路径顺序不对呀。

默认OpenMPI 不允许root运行

感谢回复

xujian · 发表于 Post on 2021-6-30 13:05:30

本帖最后由 xujian 于 2021-6-30 13:09 编辑

zjxitcc 发表于 2021-6-30 10:33
试试把$PATH和$LD_LIBRARY_PATH放到相应的行尾，例如
export PATH=xxxxxxxxx:$PATH

非常感谢，orca运行和并行的问题已经解决了。还想请教一下，orca是不是不能用DLPNO-CCSD(T)方法优化结构啊？运行之后会出现如下错误。去掉opt之后就能正常结束。

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-6-30 13:19:28

xujian 发表于 2021-6-30 13:05
非常感谢，orca运行和并行的问题已经解决了。还想请教一下，orca是不是不能用DLPNO-CCSD(T)方法优化结构 ...

这个报错写的很清楚，DLPNO-CCSD(T)目前没有解析导数，只能用数值导数做结构优化（而这十分耗时）。一定要算的话，写上数值导数的关键词即可。

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