求助：在Gromacs中模拟金纳米线弯曲过程

1971806673 · 发表于 Post on 2021-7-20 09:25:05

老师，您好，看了你在平台发的文章案例——在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程，如果我想做金纳米线在z方向上的弯曲过程，我将mdp文件设置如下（见附件），还请老师可以抽空看一下，提出修改意见，感谢老师。

牧生 · 发表于 Post on 2021-7-20 10:33:50

没有附件，

1971806673 · 发表于 Post on 2021-7-20 14:39:48

牧生发表于 2021-7-20 10:33
没有附件，

抱歉老师，我把控制文件发过去了，麻烦老师了。

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-21 03:39:23

你这个不叫弯曲，只是右边由下到上进行剪切而加Z正方向的外力。实际跑跑就知道效果了

1971806673 · 发表于 Post on 2021-7-21 09:16:15

sobereva 发表于 2021-7-21 03:39
你这个不叫弯曲，只是右边由下到上进行剪切而加Z正方向的外力。实际跑跑就知道效果了

老师，您好，我希望得到的弯曲如我图片展示的这种弯曲，请问我需要在怎么设置我的控制文件有关弯曲的操作呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-22 00:44:54

1971806673 发表于 2021-7-21 09:16
老师，您好，我希望得到的弯曲如我图片展示的这种弯曲，请问我需要在怎么设置我的控制文件有关弯曲的操作 ...

没法直接实现。这个过程外力的方向是不断变化的

1971806673 · 发表于 Post on 2021-7-22 09:08:45

sobereva 发表于 2021-7-22 00:44
没法直接实现。这个过程外力的方向是不断变化的

您好，老师，上面图片中的这种弯曲是在lanmmps中做成的效果，就是在Z方向施加一个恒定大小的力（力的大小不变，方向始终朝Z方向）达到的效果，而且老师，我最近找到一篇文章，也是做成了一种弯曲效果，做的挺好的，我将图片上传，用的是GROMACS version 4.6，请老师看一下，我也模拟着看一下效果，谢谢老师的热情答疑。

1971806673 · 发表于 Post on 2021-7-22 09:10:24

1971806673 发表于 2021-7-22 09:08
您好，老师，上面图片中的这种弯曲是在lanmmps中做成的效果，就是在Z方向施加一个恒定大小的力（力的大小 ...

忘记图片了老师，我添加在这里了。

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-23 03:23:47

你可以实际跑着试试

1971806673 · 发表于 Post on 2021-7-23 08:44:17

sobereva 发表于 2021-7-23 03:23
你可以实际跑着试试

好的，谢谢老师一直以来的热情答疑。

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