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本帖最后由 牧生 于 2021-8-17 11:46 编辑
事件起因：
一、使用amber力场，甲烷分子的itp由在线服务器http://bio2byte.be/acpype/得到。 将培训班教程里面的2304.gro转为2304.pdb以后，再用packmol建立冰+水+甲烷的体系tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
output mix.pdb
structure ice.pdb
number 1
inside box 0. 0. 0. 28. 32. 30.
end structure
structure H2O.pdb
number 800
inside box 0. 0. 30. 28. 32. 60.
end structure
structure jiawan.pdb
number 5
inside box 0. 0. 30. 28. 32. 60.
end structure
二、将mix.pdb进行能量最小化以后，得到一个em-sol.gro文件
三、使用命令cat em-sol.gro |awk '{print $0;if($2=="OW"){a=$1;b=$3;c=$4;d=$5;e=$6;}if($2=="HW2")printf("%8s MW %4d%8.3f%8.3f%8.3f\n",a,b,c,d,e)}' > newicebox.gro转为四点水模型， 并gmx editconf -f newicebox.gro -o newicebox2.gro，理顺编号
四、在topol里面把水模型改为四点水模型，在newicebox2.gro里面的原子总数改成四点水模型以后的总数
发现错误：
五、再次对newicebox2.gro能量最小化，就在第4730行出现错误，这一行是盒子的尺寸
Program: gmx grompp, version 2019.6
Source file: src\gromacs\fileio\groio.cpp (line 142)
Fatal error:
Invalid line in newicebox2.gro for atom 4730:
2.91500 3.30700 6.04300
官方的解释为：
Invalid line in coordinate file for atom XThis error arises if the format of the .gro file is broken in some way. The most common explanation is that the second line in the .gro file specifies an incorrect number of atoms, causing grompp to continue searching for atoms but finding box vectors.
我检查了一下newicebox2.gro和newicebox.gro，差别在于，使用命令gmx editconf -f newicebox.gro -o newicebox2.gro转为四点水以后，有很多原子就不见了，请问一下这是为何。
em.mdp
(389 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 7)
newicebox.gro
(282.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)
newicebox2.gro
(207.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)
找到原因了，应该先在newicebox.gro里面的原子总数改成四点水模型以后的总数，再进行gmx editconf -f newicebox.gro -o newicebox2.gro理顺编号。
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发表于 Post on 2021-8-17 09:28:03
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