利用xtb做动力学得到动态变化的静电势的可行性

Yan_njit · 发表于 Post on 2021-9-6 16:33:09

尊敬的各位老师：
   您好！
   受sob老师帖子http://sobereva.com/591的启发(使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用 ),
想利用xtb做分子动力学，并考察静电势随化学过程的变化。目前的方案是，选取体系中与反应最相关的一小段轨迹，然后对其结构的每
一帧进行静电势的计算，再将每一帧的静电势结果的图进行叠加。
   但感到上述方案的重复性的工作量较大，目前也在寻找其他方案，想请教一下各位老师，非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-6 17:23:59

没必要每一帧都做，可以比如隔10帧或20帧做一次

我不知道你的体系是什么特征，没法说工作量是大是小。只能说这么做在原理上是可以做的，结合脚本也不麻烦

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-9-6 17:45:54

xtb得到的轨迹且不说，用xtb级别的密度做静电势也太次了吧

Yan_njit · 发表于 Post on 2021-9-6 18:58:00

sobereva 发表于 2021-9-6 17:23
没必要每一帧都做，可以比如隔10帧或20帧做一次

我不知道你的体系是什么特征，没法说工作量是大是小。只 ...

非常感谢sob老师的建议！

Yan_njit · 发表于 Post on 2021-9-6 19:11:35

喵星大佬发表于 2021-9-6 17:45
xtb得到的轨迹且不说，用xtb级别的密度做静电势也太次了吧

非常感谢老师

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