在Amorphous Cell Construction中设置离子液体作为溶剂分子出错

张博

请问大家在Amorphous Cell Construction中设置离子液体作为溶剂分子，会出现The input document is not a single fragment.的错误，请问应该如何解决呀，离子液体本来就不成键，怎么当成一个片段呢？

AaronO_o

我们构建聚电解质遇到过类似的问题，认为是AC无法对同一个xsd文件中的多个片段进行处理所致（其实就是报错信息字面意思）。
用过两种方法：
1、离子液体先成键，连接起阴阳离子，AC中构建盒子后删除掉不合理的键；
2、分别构建独立的阴、阳离子模型，AC中分别投入对应的数目。
以上操作均不在AC中进行几何优化，以避免不合理的力场指派导致AC自动优化为不合理的构象；（且AC单线程的几何优化比Forcite慢太多了）。

我个人的认知是：当然离子化合物成键是不合理的，但在构建AC过程中"成键"与否仅决定了离子对的初始位置关系，得到一个摩尔比合理的无定形盒子后、删除掉不合理的“成键”对后续的动力学计算毫无影响。

张博

AaronO_o 发表于 2021-9-12 10:35
我们构建聚电解质遇到过类似的问题，认为是AC无法对同一个xsd文件中的多个片段进行处理所致（其实就是报错 ...

那请问如果是要在得到溶剂化能之后对溶质在溶剂中的构型进行分析（比如是否有形成氢键等），这样做（先成键后断键）也不会有影响吗？

naoki

阴阳离子分开插入
何不用packmol？

AaronO_o

张博 发表于 2021-9-13 08:47
那请问如果是要在得到溶剂化能之后对溶质在溶剂中的构型进行分析（比如是否有形成氢键等），这样做（先成 ...

我个人认为只要是合理构象（即已经删除掉不合理的键后）进行动力学计算得到的充分弛豫后的平衡轨迹，不应该会影响到后续的分析。

张博

AaronO_o 发表于 2021-9-13 13:07
我个人认为只要是合理构象（即已经删除掉不合理的键后）进行动力学计算得到的充分弛豫后的平衡轨迹，不应 ...

我试了一下 ，在AC中构建盒子后删除键再跑dynamics会提示如下错误，可能还需要进一步在AC中优化，请问应该怎么解决呢？
ps：离子液体我是几何优化后在让其成键的，为了避免立场指派出错
An unphysical integration step (>100 Angstroms) has been detected.
Try relaxing the structure with geometry optimization, reducing the time step,
reducing the temperature or a combination of these.

AaronO_o

张博 发表于 2021-9-14 10:21
我试了一下 ，在AC中构建盒子后删除键再跑dynamics会提示如下错误，可能还需要进一步在AC中优化，请问应 ...

几何优化后为什么还要让其成键（共价键）呢？离子间直接成键跑dynamics可能会引入所谓的"unphysical"结构吧。我认为问题可能是：您构建AC盒子后没有进行几何优化，阴阳离子间存在了不合理的相互靠近，在动力学中势能极高。
AC构建好盒子后就应当删掉不合理的离子间共价键，随后先在Forcite中进行几何优化，以消除掉构建AC盒子时候带入的阴阳离子过近的问题，随后才可以进行退火或者动力学计算。
另外我个人是不建议用AC跑几何优化的。AC仅仅能单线程运算，几何优化则是调用的Forcite模块。Forcite的优化可以多线程运算，效率比AC要高不少。

张博

AaronO_o 发表于 2021-9-14 12:52
几何优化后为什么还要让其成键（共价键）呢？离子间直接成键跑dynamics可能会引入所谓的"unphysical"结构 ...

非常感谢您的解答!我还有一个小问题,因为我在AC里构建了大量的溶剂分子,那我应该如何批量删除这些键呢?