求助：posre.itp的用法

1971806673 · 发表于 Post on 2021-9-16 22:12:03

老师您好，我有几个基本的问题想要咨询一下您，第一个是posre.itp文件在nvt、npt弛豫过程中是必须要用到去限制原子的位置吗？还是什么情况下用这个文件，什么情况下不用这个文件？

第二个是一个体系通过能量最小化之后，如何选择弛豫的系综？什么情况下用nvt，什么情况下用npt？还是必须先用nvt,在用npt，麻烦老师可以解答一下。
比如我模拟的是在真空下的PVDF块体，能量最小化之后我应该如何选择弛豫的系综呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-17 08:11:01

1 没有特殊情况都不需要用。需要用的情况比如做生物分子在水中的正式动力学模拟之前，先带着生物分子的位置限制势跑一段时间让水弛豫，避免分布尚不合理的水弄坏生物分子结构。再比如研究个纳米管与小分子相互作用，想让纳米管结构保持固定不动，也可以用位置限制。

2 没有特殊情况一律用NPT。必须用NVT的情况都有确切理由，对于诸如有真空层的情况如果一开控压就把真空区弄没了，显然此时不能用NPT。你的体系显然也必须NVT，要不然控压到最后盒子就紧贴着你的体系了。

1971806673 · 发表于 Post on 2021-9-17 15:06:35

本帖最后由 1971806673 于 2021-9-17 21:24 编辑

老师，您的意思是我先用nvt弛豫，结束之后再用npt弛豫是吧，保证能量稳定。还是直接nvt弛豫结束之后直接成品模拟呢？老师，在请教一下我的体系能量最小化之后还是规则的长方体块体，但是通过nvt之后结构就乱了，请问老师这要怎么做呢以保证弛豫之后结构规整？

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