聚合物模拟流程请教

1971806673

老师您好，我模拟的体系是一个长方体形状的PVDF模型，处于真空下的模拟，我自己构建了rtp文件，通过pdb2gmx生成top文件，接下来依次使用如下命令：能量最小化过程：

gmx grompp -f em.mdp -c PVDF84-6-6_box.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 1
gmx mdrun -v -deffnm em

nvt弛豫：
gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro  -p topol.top  -o nvt.tpr -maxwarn 2
gmx mdrun -v -deffnm nvt
npt弛豫：
gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro  -p topol.top  -o npt.tpr -maxwarn 2
gmx mdrun -v -deffnm npt

为了使得长方体的聚合物模型不分散或者凌乱，我在nvt和npt都使用了位置限制性文件，请问老师我这样使用位置限制性条件对吗？
在最后产品模拟的时候，我没有使用限制性位置条件，在nvt下进行模拟，体系变得凌乱了，请问老师这是什么原因呢？

牧生

感觉你好像都说了，感觉你又什么都没说。
要把文件传上来大家看看。
变得凌乱，最好贴图，以及用vmd打开时，有没有提示错误

sobereva

什么要点都没交代，mdp也没有、截图也没有、拓扑/结构文件也没有
如果确实要在真空下模拟，根本就不该用NPT，真空区都自发没了
长方体形状PVDF模型到底是什么样别人也不清楚，也不知道怎么个凌乱法

1971806673

老师您好，我的问题是对构建的PVDF块体模型弛豫，弛豫过程中，我如果不加posre.itp，那么我的体系就会变得凌乱不规整了，没有办法模拟的时候去做弯曲了，但是就算我在弛豫过程中使用了posre.itp进行位置限制，但是在模拟过程中由于不使用posre.itp文件，体系就凌乱了，请问老师这个问题该怎么解决呢？
各个阶段的控制文件我都上传了。麻烦老师了。

sobereva

带真空区的体系不要用EnerPres

在很低温度下跑MD，看看结构是否能维持。如果也散架了，可能力场参数、拓扑文件就有问题。如果只有温度较高时才变得凌乱，可能是热运动本身导致的

不建议用gen_vel。最好用退火从0K开始线性升温，这样比较稳健

nianbin

首先，你的块体是如何做出来的，晶胞参数是不是符合实际情况，从图中看，你链之间的距离可能有点远，其次，检查你的top文件是不是合理。