求助：vasp静电势可以用multiwfn做吗？

ymeng · 发表于 Post on 2021-10-11 09:25:05

最近在用vasp做一个二维材料，现在想分析静电势，纠结在用高斯的PBC，但是感觉大家都不推荐，有没有方法可以把vasp的结果用multiwfn直接分析？谢谢谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-11 13:57:24

Multiwfn不能对周期性体系算静电势，哪怕是载入Gaussian的PBC任务产生fch文件。但可以载入第一性原理程序产生的静电势格点文件（如CP2K产生的静电势的cub文件、VASP在LVHAR=.TRUE.时产生的LOCPOT）进行绘图、做某些分析。具体怎么做看具体情况，分析什么

ymeng · 发表于 Post on 2021-10-11 14:36:07

sobereva 发表于 2021-10-11 13:57
Multiwfn不能对周期性体系算静电势，哪怕是载入Gaussian的PBC任务产生fch文件。但可以载入第一性原理程序产 ...

那社长，请问用LOCPOT联合Multiwfn能够得到哪些有用的信息呢？我也只是在寻找能够解释我目前产生现象的原因，也只有做出来结果才知道对自己有没有用。

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-11 19:54:41

ymeng 发表于 2021-10-11 14:36
那社长，请问用LOCPOT联合Multiwfn能够得到哪些有用的信息呢？我也只是在寻找能够解释我目前产生现象的原 ...

问得太空泛，没法具体回答

ymeng · 发表于 Post on 2021-10-11 19:59:25

sobereva 发表于 2021-10-11 19:54
问得太空泛，没法具体回答

我最想得到直观的静电势图

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-11 20:07:04

ymeng 发表于 2021-10-11 19:59
我最想得到直观的静电势图

Multiwfn载入LVHAR=.TRUE.时的LOCPOT，主功能13里用选项0导出静电势负值的cub文件
然后Multiwfn载入CHGCAR，主功能13里用选项0导出电子密度的cub文件
最后把这两个文件都载入VMD，用电子密度的cub文件显示等值面，并依据静电势负值的cub文件对其着色就完了

VMD里的操作参考
基于Multiwfn产生的cube文件在VMD和GaussView中绘制填色等值面图的方法
http://sobereva.com/402（http://bbs.keinsci.com/thread-7756-1-1.html）

上述做法没实际试过，但原理上是行得通的

ymeng · 发表于 Post on 2021-10-11 20:40:53

sobereva 发表于 2021-10-11 20:07
Multiwfn载入LVHAR=.TRUE.时的LOCPOT，主功能13里用选项0导出静电势负值的cub文件
然后Multiwfn载入CHGC ...

感谢社长，我这就试一下！！并给您反馈

ymeng · 发表于 Post on 2021-10-12 09:14:27

sobereva 发表于 2021-10-11 20:07
Multiwfn载入LVHAR=.TRUE.时的LOCPOT，主功能13里用选项0导出静电势负值的cub文件
然后Multiwfn载入CHGC ...

社长，那自旋极化的情况，LOCPOT直接用alpha电子吗？还是要把alpha,beta电子分开讨论

ymeng · 发表于 Post on 2021-10-12 14:36:13

sobereva 发表于 2021-10-11 20:07
Multiwfn载入LVHAR=.TRUE.时的LOCPOT，主功能13里用选项0导出静电势负值的cub文件
然后Multiwfn载入CHGC ...

再问一下社长，我得到的极值已经上万Kcal了，是不是Multiwfn不能做周期性的极值？

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-13 04:12:53

ymeng 发表于 2021-10-12 09:14
社长，那自旋极化的情况，LOCPOT直接用alpha电子吗？还是要把alpha,beta电子分开讨论

用总电子（alpha+beta）对应的静电势

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-13 04:14:21

ymeng 发表于 2021-10-12 14:36
再问一下社长，我得到的极值已经上万Kcal了，是不是Multiwfn不能做周期性的极值？

“做周期性的极值”语义不明
没细节没法说

前面一直说的是VMD里绘图，还没牵扯到表面静电势极值点搜索的事

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-10-13 06:38:14

ymeng 发表于 2021-10-11 20:40
感谢社长，我这就试一下！！并给您反馈

没那么复杂，有LOCPOT和CHGCAR直接用VESTA或VMD就直接能做，犯不上做转换。

方案1，用VESTA。先把CHGCAR拽到VESTA，然后Edit->Edit Data->Volumetric Data，点Surface coloring旁的Import导入LOCPOT就行。

方案2，你可以直接用VMD来完成，类似于RDG填色图那样做，就是等值面采用CHGCAR替换RDG网格的，填色采用LOCPOT替换sign(l2)rho的网格，VMD我记得是支持CHGCAR的格式（但不确定是否能正确支持，因为涉及到单位换算）。

另外要注意的是，周期体系因为涉及到电荷重整化的问题，解出来的静电势被平移了一个未知的常数，所以先要确定体系的真空能级。对二维材料来说，通常确定的方法就是计算z方向的平均静电势，取其真空区域平缓段的能级作为其真空能级，将真空能级按0做参考平移整个静电势。二维材料上下不对称有偶极矩的情况会比较难整，不过近年来也有一些方法，这里暂时不过多介绍。

ymeng · 发表于 Post on 2021-10-13 09:10:09

sobereva 发表于 2021-10-13 04:14
“做周期性的极值”语义不明
没细节没法说

社长，我是想用multiwfn找一下我这个二维材料体系静电势的极值，但是我放进multiwfn里按照教程得到的结果太大了，有几万KCAL，所以我想问下，multiwfn是不是不能找周期性的静电势极值?

ymeng · 发表于 Post on 2021-10-13 09:10:54

卡开发发发表于 2021-10-13 06:38
没那么复杂，有LOCPOT和CHGCAR直接用VESTA或VMD就直接能做，犯不上做转换。

方案1，用VESTA。先把CHGC ...

谢谢卡卡大人

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-14 00:53:19

ymeng 发表于 2021-10-13 09:10
社长，我是想用multiwfn找一下我这个二维材料体系静电势的极值，但是我放进multiwfn里按照教程得到的结果 ...

肯定操作过程不对

对于只有电子密度和静电势格点文件的情况，怎么做表面静电势极值点搜索Multiwfn手册里专门写了

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