求助：如何在模拟中只限制分子的构型而不限制位置

pubertystory

请问各位老师，我想在gromacs分子动力学模拟中只限制分子的构型，如键长、角度和二面角，而不对分子的位置进行限制，即分子可以自由运动但呈不变型的刚体。请问该怎么实现吗？

sobereva

键长键角可以用constraints = all-angles实现精确的约束
二面角没法严格约束，但可以通过[ dihedral_restraint ]字段施加限制二面角限制势，或者把所有二面角用谐振势描述来实现

pubertystory

好的，谢谢sob老师，我尝试一下。

Kelly00

sobereva 发表于 2021-10-13 19:44
键长键角可以用constraints = all-angles实现精确的约束
二面角没法严格约束，但可以通过[ dihedral_restr ...

社长，您在http://sobereva.com/10有写二面角限制的例子，需要知道参考角度数phi，我用的GAFF力场，怎样可以得到分子的所有二面角度数呢，还是说可以根据[ dihedrals]部分改写[ dihedral_restraint ]？ 另外，GAFF力场的[ dihedrals]部分给的参数kd会有为0的情况，这是什么意思？是不是没有意义可以删掉。如果想保持分子构型不变，是不是正常二面角和异常二面角都应该施加限制呢？

Frozen-Penguin

Kelly00 发表于 2022-8-4 20:45
社长，您在http://sobereva.com/10有写二面角限制的例子，需要知道参考角度数phi，我用的GAF ...

1.二面角度数根据需要限制的结构计算
2.用[ dihedrals ] 和 [ dihedral_restraints ]都可以实现，用[ dihedrals ]，把所有的funct都设置成2(harmonic)或4(harmonic with periodic)，设置一个较大的力常数并填上根据结构计算出的参考值，用[ dihedral_restraints ]同样是设置力常数和参考值，类型只有一种，用[ dihedral_restraints ]比较好，因为用[ dihedrals ]可能会引起误解。
3.博客的内容比较旧，和新版本不太一样，mdp文件中的内容用比较新的版本就不用写了，itp文件中还是这样写的。
4.需要额外约束的只有正常二面角，正常二面角与结构变化有关，而非正常二面角，例如苯环的所有原子在同一平面上，在模拟中是不会改变的，所以不需要额外约束。
5.二面角即使对能量没有贡献也要写，否则程序可能会报错。

sobereva

Kelly00 发表于 2022-8-4 20:45
社长，您在http://sobereva.com/10有写二面角限制的例子，需要知道参考角度数phi，我用的GAF ...

直接用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生全用谐振势的分子的拓扑文件就完了，最简单。诸如下文就产生了全刚性的分子拓扑文件
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635（http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html）

Kelly00

Frozen-Penguin 发表于 2022-8-4 22:28
1.二面角度数根据需要限制的结构计算
2.用[ dihedrals ] 和 [ dihedral_restraints ]都可以实现，用[ di ...

谢谢回复~因为分子是很大的聚合物，所以是用sobtop的聚合物生成拓扑方式得到的力场文件，用高斯优化这一步可能没办法实现。所以我是希望能生成结构的所有二面角度数，我再对itp进行修改，但是没有找到输出结构所有二面角的方法。。@sobereva