VASP中关于 MAGMOM的设置问题，以及离子之间距离太小的warming该如何解决

xilemiki

各位老师，最近在算一个铱基催化剂，具体结构如下
在进行表面吸附（吸附物为糠醇）结构优化的时候ISPIN=2时运算无法进行，OUTCAR没有出现error，但是出现了warming，大概是说没有设置MAGMOM。
此时INCAR如下
########################################     INFORMATION    ########################################
SYSTEM  = Adsorption

########################################       OUTPUT       ########################################
LCHARG  = .TRUE.
LWAVE   = .FALSE.
LAECHG = .T.
########################################      PRECISION     ########################################
ENCUT   = 400
EDIFF   = 1.0E-5
EDIFFG  = -1.0E-2

########################################     ALGORITHMS     ########################################
ALGO    = Fast
IBRION  = 2
ISIF    = 2
ISMEAR  = 1
ISPIN   = 2
ISYM    = 2
LREAL   = Auto

########################################     CORRECTIONS    ########################################
! ADDGRID = .TRUE.
IDIPOL  = 3
LCORR   = .TRUE.
IVDW = 11

########################################       LIMITS       ########################################
NELM    = 200
NSW     = 300
GGA = PE
########################################    MISCELLANEOUS   ########################################
SIGMA   = 0.1
NPAR = 8

当ISPIN=1时，运算能正常进行

后来我按照其他帖子设置了MAGMOM
INCAR如下
########################################     INFORMATION    ########################################
SYSTEM  = Adsorption

########################################       OUTPUT       ########################################
LCHARG  = .TRUE.
LWAVE   = .FALSE.
LAECHG = .T.
########################################      PRECISION     ########################################
ENCUT   = 400
EDIFF   = 1.0E-5
EDIFFG  = -1.0E-2

########################################     ALGORITHMS     ########################################
ALGO    = Fast
IBRION  = 2
ISIF    = 2
ISMEAR  = 1
ISPIN   = 2
MAGMOM =45*0 8*0 2*5 6*0 2*0
ISYM    = 2
LREAL   = Auto

########################################     CORRECTIONS    ########################################
! ADDGRID = .TRUE.
IDIPOL  = 3
LCORR   = .TRUE.
IVDW = 11

########################################       LIMITS       ########################################
NELM    = 200
NSW     = 300
GGA = PE
########################################    MISCELLANEOUS   ########################################
SIGMA   = 0.1
NPAR = 8


但是出现了新的warming

各位老师，有的人说MAGMOM并不是一定要设置，那么为什么在不设置的情况下会出现上述情况呢？
MAGMOM应该如何设置？
关于离子之间距离太小，我看过我的输入的cif文件和POSCAR，是没有问题的，设置完MAGMOM 上述问题产生的原因是什么呢？

xilemiki

以下是吸附构型的POSCAR
Ir-FAL
  1.0000000000000000
12.3000001907348633  0.0000000000000000  0.0000000000000000
-6.1500000965676200 10.6521126310369016  0.0000000000000000
  0.0000000000000000  0.0000000000000000 20.0000000000000000
  45   8   2   6   2
Selective Dynamics
Direct
0.80725  0.82533  0.06383   T   T   T   !   C   1   1   
0.61256  0.82493  0.08221   T   T   T   !   C   2   2   
0.87454  0.75583  0.06204   T   T   T   !   C   3   3   
0.67213  0.95543  0.07079   T   T   T   !   C   4   4   
0.87106  0.95542  0.05661   T   T   T   !   C   5   5   
0.80306  0.02156  0.06123   T   T   T   !   C   6   6   
0.00636  0.81852  0.05945   T   T   T   !   C   7   7   
0.60287  0.01940  0.07536   T   T   T   !   C   8   8   
0.86605  0.55682  0.07343   T   T   T   !   C   9   9   
0.86561  0.15373  0.06203   T   T   T   !   C   10   10   
0.00334  0.01811  0.05406   T   T   T   !   C   11   11   
0.07217  0.74978  0.06649   T   T   T   !   C   12   12   
0.47023  0.94762  0.07910   T   T   T   !   C   13   13   
0.00107  0.61742  0.07042   T   T   T   !   C   14   14   
0.07000  0.95036  0.05709   T   T   T   !   C   15   15   
0.79818  0.22050  0.06989   T   T   T   !   C   16   16   
0.66574  0.15287  0.07499   T   T   T   !   C   17   17   
0.79242  0.42202  0.07922   T   T   T   !   C   18   18   
0.41070  0.81434  0.08574   T   T   T   !   C   19   19   
0.86102  0.35405  0.07271   T   T   T   !   C   20   20   
0.20612  0.81179  0.07185   T   T   T   !   C   21   21   
0.65634  0.35131  0.08694   T   T   T   !   C   22   22   
0.27465  0.74421  0.07980   T   T   T   !   C   23   23   
0.40105  0.01283  0.07627   T   T   T   !   C   24   24   
-0.00225  0.21619  0.06049   T   T   T   !   C   25   25   
0.26881  0.94546  0.07100   T   T   T   !   C   26   26   
0.06664  0.54881  0.07271   T   T   T   !   C   27   27   
0.59683  0.21780  0.08150   T   T   T   !   C   28   28   
0.99542  0.41631  0.07014   T   T   T   !   C   29   29   
0.06532  0.14961  0.05773   T   T   T   !   C   30   30   
0.20138  0.01249  0.06473   T   T   T   !   C   31   31   
0.20176  0.60900  0.07676   T   T   T   !   C   32   32   
0.46393  0.14631  0.07985   T   T   T   !   C   33   33   
0.06142  0.34747  0.06694   T   T   T   !   C   34   34   
0.26300  0.14396  0.07068   T   T   T   !   C   35   35   
0.19642  0.21168  0.06757   T   T   T   !   C   36   36   
0.39325  0.20937  0.08106   T   T   T   !   C   37   37   
0.19293  0.41001  0.07419   T   T   T   !   C   38   38   
0.45265  0.33907  0.09442   T   T   T   !   C   39   39   
0.25893  0.34014  0.08075   T   T   T   !   C   40   40   
0.82795  0.69483  0.21907   T   T   T   !   C   41   41   
0.60363  0.50482  0.23734   T   T   T   !   C   42   42   
0.68856  0.62712  0.20380   T   T   T   !   C   43   43   
0.49268  0.49990  0.24649   T   T   T   !   C   44   44   
0.50566  0.61778  0.21766   T   T   T   !   C   45   45   
0.87542  0.78466  0.19158   T   T   T   !   H   1   46   
0.86904  0.63747  0.20353   T   T   T   !   H   2   47   
0.62853  0.43295  0.24688   T   T   T   !   H   3   48   
0.40538  0.42262  0.26568   T   T   T   !   H   4   49   
0.45597  0.65980  0.24314   T   T   T   !   H   5   50   
0.79891  0.75078  0.30498   T   T   T   !   H   6   51   
0.63599  0.58824  0.09969   T   T   T   !   H   7   52   
0.43073  0.58054  0.12090   T   T   T   !   H   8   53   
0.68176  0.76433  0.07990   T   T   T   !   Ir   1   54   
0.80878  0.62862  0.07161   T   T   T   !   Ir   2   55   
0.48598  0.75941  0.09783   T   T   T   !   N   1   56   
0.58136  0.40623  0.09805   T   T   T   !   N   2   57   
0.25911  0.53766  0.07824   T   T   T   !   N   3   58   
0.38248  0.39976  0.10176   T   T   T   !   N   4   59   
0.63886  0.70558  0.22094   T   T   T   !   N   5   60   
0.84967  0.71512  0.28939   T   T   T   !   N   6   61   
0.46779  0.48212  0.16802   T   T   T   !   O   1   62   
0.53645  0.50344  0.16505   T   T   T   !   O   2   63   

wsz

这两个O原子只有0.75Å

卡开发发

xilemiki 发表于 2021-10-14 21:14
以下是吸附构型的POSCAR
Ir-FAL
  1.0000000000000000

写了一段python判断了一下，看上去可能是O-O之间的距离比较短，但可能不是这个原因。

1. #FILE:min_bond_len.py
   
2. 
   
3. import re
   
4. import numpy as np
   
5. from io import StringIO
   
6. import ase.io
   
7. 
   
8. #读取POSCAR文本。
   
9. f=open('POSCAR')
   
10. txt=f.read()
    
11. f.close()
    
12. 
    
13. #获取元素种类。
    
14. lines=re.findall('Direct\n(.*)\n',txt,re.S)
    
15. lines=np.array([line.split()[-3] for line in lines[0].split('\n')])
    
16. name=np.unique(lines)
    
17. 
    
18. #将元素种类添加到POSCAR的5~6行。
    
19. lines=txt.split('\n')
    
20. part1='\n'.join(lines[:5])
    
21. part2=' '.join(name)
    
22. part3='\n'.join(lines[5:])
    
23. txt='\n'.join([part1,part2,part3])
    
24. 
    
25. #将上述字符串作为文件用ase.io读取。
    
26. poscar=StringIO(txt)
    
27. s=ase.io.read(poscar,format='vasp')
    
28. #获得全部（周期性边界）最短键长。
    
29. dist=s.get_all_distances(mic=True)
    
30. 
    
31. #找到最短键长对应的原子。
    
32. dx=[]
    
33. idx=[]
    
34. for i in range(len(s)):
    
35.         for j in range(i):
    
36.                 if i!=j:
    
37.                         idx.append((i+1,j+1))
    
38.                         dx.append(dist[i,j])
    
39. i=np.argmin(dx)
    
40. print('最近的两个原子为%d和%d，其距离为%8.4f'%(idx[i][0],idx[i][1],dx[i]))

复制代码

1. $ python3 min_bond_len.py
   
2. $ 最近的两个原子为63和62，其距离为  0.7510

复制代码

xilemiki

wsz 发表于 2021-10-15 10:46
这两个O原子只有0.75Å

谢谢老师解答，通过您的可视图我才发现我的POSCAR输出的结构和我的cif文件不太一样，为什么我的VESTA打开时黑白的呀？[img][/img]还有一个问题就是这是一个初态，下一步准备计算过渡态，为了使原子一一对应所以用了neb-pos命令，结果结构就乱了...

xilemiki

卡开发发 发表于 2021-10-15 10:47
写了一段python判断了一下，看上去可能是O-O之间的距离比较短，但可能不是这个原因。

谢谢卡老师解答，这个POSCAR是使用neb-pos后从cif中生成的POSCAR，但是为什么和cif文件结构不一样呢？

xilemiki

以下就是neb-pos的脚本，这个是我老师给我的，目的是使原子一一对应
#!/bin/bash
nline=`grep -n Direct POSCAR | cut -c 1`
head -$nline POSCAR > tmp-1
natom=`awk 'NR=='$nline-2'' POSCAR | awk '{for(i=1;i<=NF;++i) printf $i " "}' | echo $[ $(tr ' ' '+' ) 0 ]`
awk 'NR==25,NR=='$natom+24'' *.cif | awk '{print $3 "  " $4 "  " $5 "  "}' > tmp-2
awk 'NR=='$nline+1',NR=='$natom+$nline'' POSCAR | awk '{for(i=4;i<=NF;++i) printf $i "   ";printf "\n"}' > tmp-3
paste  tmp-2 tmp-3  -d " ">> tmp-1
rm tmp-2 tmp-3
mv POSCAR POSCAR.bak
mv tmp-1 POSCAR

卡开发发

xilemiki 发表于 2021-10-16 11:37
以下就是neb-pos的脚本，这个是我老师给我的，目的是使原子一一对应
#!/bin/bash
nline=`grep -n Direct  ...

我不知道你指的不一样是在哪？

xilemiki

卡开发发 发表于 2021-10-17 01:02
我不知道你指的不一样是在哪？

卡老师，问题已经解决啦，离子之间距离太小是因为POSCAR和CIF两个文件结构不一样，是我自己在运算时末态结构用的不是初态的arc改的，应该是初态优化后在初态的arc文件的基础上生成末态的cif文件，此时neb-pos才能正常运行。谢谢卡老师。