建立盒子时的密度选择问题

努力学习 · 发表于 Post on 2021-10-25 20:01:05

老师，请问建立甲烷盒子的时候是选择常温常压下甲烷的密度吗

chema · 发表于 Post on 2021-10-25 22:08:07

一般在建模的时候，会把一定数目的分子放进大盒子里，也就是一个小的密度，然后再跑NPT，跑到一个合适的密度

nusiew · 发表于 Post on 2021-10-26 09:50:39

chema 发表于 2021-10-25 22:08
一般在建模的时候，会把一定数目的分子放进大盒子里，也就是一个小的密度，然后再跑NPT，跑到一个合适的密 ...

如果要模拟常温下的密度，跑NPT的时候是不是需要把P设置为一个标准大气压？

努力学习 · 发表于 Post on 2021-10-26 09:53:57

chema 发表于 2021-10-25 22:08
一般在建模的时候，会把一定数目的分子放进大盒子里，也就是一个小的密度，然后再跑NPT，跑到一个合适的密 ...

老师，您好。感谢您的回答，我还有两个疑问。1.您的意思是建盒子时密度可以不按常温常压的选择，随便选择比如说1都可以是吗 2.怎么控制npt使他跑到我想要的密度了？ 3.我这个甲烷的密度是0.00065，但我设置的时候只能设置到0.65这样才有足够的分子，这样npt能使密度降到0.00065吗

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-26 14:04:27

nusiew 发表于 2021-10-26 09:50
如果要模拟常温下的密度，跑NPT的时候是不是需要把P设置为一个标准大气压？

实际模拟什么压力就设什么压力

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-26 14:06:00

努力学习发表于 2021-10-26 09:53
老师，您好。感谢您的回答，我还有两个疑问。1.您的意思是建盒子时密度可以不按常温常压的选择，随便选 ...

看你模拟什么条件的情况。如果你要模拟气态甲烷，通常根据想模拟的甲烷数目、实验已知的当前温度/压力下体系的密度，折算成盒子大小，然后在NVT下模拟。或者如果想模拟特定尺寸的盒子，根据实验密度折算出要算的分子数。这种情况不适合NPT，很难控压。

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