求助：关于gromacs里统计粒子数密度在z轴方向的分布的疑问

邱美佳 · 发表于 Post on 2021-10-26 08:25:24

我用gromacs统计小分子数密度在z轴方向的分布，盒子正中央是一块金属板，溶液中有小分子。我用了-symm命令，结果出来的曲线是完全对称分布的。请问这种完全对称分布的曲线合理吗？我的实际模型中金属板两侧的环境不可能完全一模一样的，所以小分子的分布肯定也不对称，所以感觉这种操作似乎违背了实际。

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-26 14:29:36

显然实际情况不是对称的就不能用-symm
-symm目的是对于本身两边对称的体系进行平均化，既减小统计误差又更有实际意义

xjw · 发表于 Post on 2022-5-25 10:46:51

您好，请问怎么用Gromacs计算某个方向的数密度啊？

Puying · 发表于 Post on 2022-5-25 11:36:41

xjw 发表于 2022-5-25 10:46
您好，请问怎么用Gromacs计算某个方向的数密度啊？

写个vmd的tcl脚本，统计单位距离内的分子个数
写起来应该不难
仅供参考~~

xjw · 发表于 Post on 2022-5-25 11:59:51

Puying 发表于 2022-5-25 11:36
写个vmd的tcl脚本，统计单位距离内的分子个数
写起来应该不难
仅供参考~~

哦哦，好的

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-30 06:10:51

xjw 发表于 2022-5-25 10:46
您好，请问怎么用Gromacs计算某个方向的数密度啊？

某个笛卡尔轴方向的平面平均数密度用gmx density得到

xjw · 发表于 Post on 2022-6-10 10:09:37

sobereva 发表于 2022-5-30 06:10
某个笛卡尔轴方向的平面平均数密度用gmx density得到

谢谢老师

1015866003 · 发表于 Post on 2024-5-13 11:50:44

sobereva 发表于 2022-5-30 06:10
某个笛卡尔轴方向的平面平均数密度用gmx density得到

请问sob老师使用gmx density这个指令如何定义原点或者参照平面的位置呢。培训班的讲义上只演示了使用-symm参照某个组的中心来把曲线对称化的方法，想知道有没有别的方法，谢谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-13 13:00:56

1015866003 发表于 2024-5-13 11:50
请问sob老师使用gmx density这个指令如何定义原点或者参照平面的位置呢。培训班的讲义上只演示了使用-sym ...

没法自定义
其它情况自己写程序做对称化

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