求助，AMBER氢键热图怎么做

知黑守白 · 发表于 Post on 2021-10-26 20:46:21

如题，最近用AMBER分析氢键，没有找到类似下面的随时间变化的氢键热图怎么做

翻遍手册，找到氢键分析模块可以做到分析每个氢键在每一帧是否存在，存在记为1，不存在记为0

在后续翻手册时【lifetime】这个分析模块貌似也是统计效果，并不能达成想要的作图效果

求助各位大佬，是否能指点一下，这个热图怎么做出来的？

ps：脚本基础太差，可能python可以很轻易的实现这个功能，意思大概就是从【*.dat】文件中读取第一列时间做横坐标，后续的列依次作为一行向上叠加，遇到1则染颜色，遇到0则染白色这种...
或者AMBER内嵌的模块里有这个功能吗？求指点，感谢各位大佬（附了一个dat文件仅供参考做输入文件）

rpestana94 · 发表于 Post on 2021-10-26 22:26:22

Using cpptraj alone I think you can't get the same graph, you need to use another software or python to do it, with matplot or seaborn you can get that kind of graph

chenbq18 · 发表于 Post on 2021-10-27 09:04:02

请问，你这个dat数据怎么生成的，能贴个cpptraj 命令吗，看着好像不是很规律，python不一定能读出来

lyj714 · 发表于 Post on 2021-10-27 13:28:21

你这个数据只能做成红白的图，无法做成你发的图片中的百分比形式，不太清楚你这个百分比指的是什么。

知黑守白 · 发表于 Post on 2021-10-27 14:12:32

chenbq18 发表于 2021-10-27 09:04
请问，你这个dat数据怎么生成的，能贴个cpptraj 命令吗，看着好像不是很规律，python不一定能读出来

您好！
cpptraj指令如下：hbond HB out hbond_do.dat donormask :1 series uuseries 1_do.dat avgout hbavg_do.dat printatomnum

从发帖到现在我也一直在自己研究python脚本怎么写，刚好研究到读取数据出来，用readlines()就可以了，在研究后续的作图指令，我实在程序语言太差了，不太会...

知黑守白 · 发表于 Post on 2021-10-27 14:13:39

lyj714 发表于 2021-10-27 13:28
你这个数据只能做成红白的图，无法做成你发的图片中的百分比形式，不太清楚你这个百分比指的是什么。

是的！求教，红白的图怎么做？python如何实现？

百分比无所谓，是一段统计的结果，那个不太重要的！

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-10-28 03:56:47

轨迹拉到VMD里不就能做嘛

知黑守白 · 发表于 Post on 2021-10-28 18:03:15

喵星大佬发表于 2021-10-28 03:56
轨迹拉到VMD里不就能做嘛

您好！您指的是VMD-Extensions-Analysis-Hydrogen Bonds吗？

我试过拖进VMD里面，得到的是一对残基之间形成氢键的数目随着时间的变化，这个“数目”并没有分散到残基的细节，是我的1.9.3版本VMD太低了吗？

lyj714 · 发表于 Post on 2021-10-28 19:51:53

本帖最后由 lyj714 于 2021-10-28 20:06 编辑

知黑守白发表于 2021-10-27 14:13
是的！求教，红白的图怎么做？python如何实现？

百分比无所谓，是一段统计的结果，那个不太重要的！ ...

仿gromacs写的。图和gromacs工具得到的类似：

知黑守白 · 发表于 Post on 2021-12-29 15:12:05

lyj714 发表于 2021-10-28 19:51
仿gromacs写的。图和gromacs工具得到的类似：

多谢您的热心解答！

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[Amber] 求助，AMBER氢键热图怎么做