求助有机物和金属络合优化问题

WXX_STUDENT · 发表于 Post on 2021-11-14 06:35:30

本帖最后由 WXX_STUDENT 于 2021-11-14 20:22 编辑

老师，您好，我现在初次接触金属络合物优化问题
上图是我的初猜结构，实验上给出的示意图是Cu2+和羟基中的O原子以及C=O中的氧进行配位
但是目前提交到服务器中一直进行优化中，一直没有出结果，目前大概已经运行五天，运行的核数为8.通过Gaussian 16进行运算的
我想问老师的是，是否是我的Cu2+位置不太对？导致我的结构一致没有出结果呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-14 06:55:21

初猜很不理想，Cu和配位原子离得太远了，因此不管最后优化能否成功完成，需要的步数肯定很多
计算过程和做实验一样必须要经常监控（尤其对于复杂的体系），绝对不要干等着。自行用gview打开输出文件看当前优化到了什么程度、已经跑了多少步、优化过程有没有震荡之类

记得问这类问题必须交代清楚什么性能的机子在什么计算级别下跑的，仔细看Q24
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

WXX_STUDENT · 发表于 Post on 2021-11-14 10:16:48

谢谢老师的回复，老师现在已经走了30步了。

其中有一个最低点，我想我是不是需要现在停下来，然后把其中最低点再进行重新优化呢？
老师这个提交到服务器上进行运算。@soberava

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2021-11-14 10:30:54

“Cu2+和羟基中的O原子以及C=O中的氧进行配位”，附图根本没有和羰基氧进行配位，到底想算什么呢？另外建议贴输入输出文件。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-11-14 10:44:57

你这个初始结构简直不忍直视

WXX_STUDENT · 发表于 Post on 2021-11-14 15:24:45

老师，您好，这是我的输入输出文件。
我想先得到金属有机络合物优化的结构。
但是一直也没优化出来。@北大-陶豫
https://pan.baidu.com/s/1N87ugukbh_D-7vIzc6BPLQ
提取码：r328
谢谢老师

乐平 · 发表于 Post on 2021-11-14 16:14:46

你的初始猜测的结构很不理想，所以基本上很难获得好的结果。
你可以量一下 Cu 和 O 的距离，就可以发现远超了 3 Å，优化的结果更是越来越偏，还是停下来别继续了。

关于初始结构，你可以看看 Cu 的四配位，然后接上一个 O 量一下距离，会发现模型给的是 1.8 Å，可以估计 Cu ··· O 距离在 2 Å 到 2.5 Å 是比较合理的。另外，你给的反应示意图中，络合物画着是平面的，但是不要相信纸上画的结构就是你要的结构，很可能两边的 HQj1 相互之间有倾角。

建模的时候先画一边，看看 Cu ··· O 距离是否合适，再复制结构粘贴到另一边，调整相互之间的距离和角度。

乐平 · 发表于 Post on 2021-11-14 16:17:57

WXX_STUDENT 发表于 2021-11-14 04:16
谢谢老师的回复，老师现在已经走了30步了。

能量不能说明全部的问题，你看看你优化的结构，已经分成两部分了，完全不是金属络合物应该有的样子。赶紧停下来，重新建模，不要用这个模型优化过程中的任何结构。

建模的思路可以参考我前面的回复。

WXX_STUDENT · 发表于 Post on 2021-11-14 16:27:23

乐平发表于 2021-11-14 16:17
能量不能说明全部的问题，你看看你优化的结构，已经分成两部分了，完全不是金属络合物应该有的样子。赶紧 ...

谢谢老师，太感谢了，我现在就停下来，重新进行优化，谢谢您的回复。

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2021-11-14 19:20:57

WXX_STUDENT 发表于 2021-11-14 15:24
老师，您好，这是我的输入输出文件。
我想先得到金属有机络合物优化的结构。
但是一直也没优化出来。@北 ...

发文件就直接在帖子里加附件就行，太大的话可以打包
为什么我极度鄙视和厌恶百毒http://sobereva.com/450

WXX_STUDENT · 发表于 Post on 2021-11-14 19:26:10

本帖最后由 WXX_STUDENT 于 2021-11-14 19:28 编辑

嗯嗯。好的老师下次我注意。@北大-陶豫

WXX_STUDENT · 发表于 Post on 2021-11-14 19:27:48

本帖最后由 WXX_STUDENT 于 2021-11-24 16:09 编辑

北大-陶豫发表于 2021-11-14 19:20
发文件就直接在帖子里加附件就行，太大的话可以打包
为什么我极度鄙视和厌恶百毒http://sobereva.com/45 ...

嗯嗯，好的老师，我下次注意，老师我在乐平老师的建议下重新改了一下初猜结构，您帮我看一下这个结构可以嘛？

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2021-11-14 19:58:25

本帖最后由北大-陶豫于 2021-11-14 20:01 编辑

WXX_STUDENT 发表于 2021-11-14 19:27
嗯嗯，好的老师，我下次注意，老师我在乐平老师的建议下重新改了一下初猜结构，您帮我看一下这个结构可以 ...

还是有不少地方明显不合理的，比如 H50-H102距离只有1.50埃，明显小于范德华半径之和；有个酚羟基氧的键角居然才85°。从化学直觉来看，或许可以固定Cu-O键长、先用PM7等快速的方法粗略优化一下，再用DFT优化。手动搭的结构比较烂是正常的，粗略优化一下就会好很多。

WXX_STUDENT · 发表于 Post on 2021-11-14 20:21:05

北大-陶豫发表于 2021-11-14 19:58
还是有不少地方明显不合理的，比如 H50-H102距离只有1.50埃，明显小于范德华半径之和；有个酚羟基氧的键 ...

好的老师，谢谢您，我先去粗略优化一下。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-11-15 09:03:45

苯酚这种弱场配体配位的Cu2+怎么会变成平面形状的嘛。。。。d9的八面体场分裂能不够大还不如是四面体

当然你可以分别算下哪个稳定，当然按8面体算的话上下要补上显式溶剂

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