利用intel全家桶2019编译并行版GULP

biogon

尝试编译了以下并行版本的gulp，发现了很多大坑，来此分享以下编译过程。
下载GULP的压缩包，解压后进入Src目录，直接执行以下三条命令：

1. source /opt/apps/intel/2019/parallel_studio_xe_2019/psxevars.sh （我的intel全家桶2019放在/opt/apps下，使用前根据自己的路径进行修改。）

复制代码

1. source /opt/apps/intel/2019/compilers_and_libraries/linux/mkl/bin/mklvars.sh  intel64 （此处路径后必须加intel64 or ia64，否则source不成功。）
   

复制代码

1. ./mkgulp -m -c intel -j 核数

复制代码

等一会即可编译完成，编译完成后在Src下生成gulp文件一个。将其复制进bin或者设定环境变量，使用如下命令即可正常运行。

1. mpirun -np 2 gulp < input > output

复制代码

目前应该是只有MD可以用上并行。
********2023.1.13更新
实测GULP6.1.2仍然可以如此编译并行版本

ABetaCarw

请问有没有GULP相关的软件教程和案例分享。这个软件太高冷了

biogon

ABetaCarw 发表于 2021-11-25 11:15
请问有没有GULP相关的软件教程和案例分享。这个软件太高冷了

没见过有，这玩意我也是被人带入门的，后来自己摸索了好多

喵星大佬

话说这玩意好申请嘛，给的是源码？还是源码要买的

biogon

喵星大佬 发表于 2021-11-25 18:54
话说这玩意好申请嘛，给的是源码？还是源码要买的

免费开源软件是，去网站上就能下载

wanlichuan

谢谢楼主分享。我按楼主的方法安装好了，没遇到什么问题，但是在运行自带例子的时候出现“ERROR : input file is empty”是怎么回事呢？input文件用的是程序自带Examples里面的，不是空白。
生成的example1.got文件全文如下：
********************************************************************************
*                       GENERAL UTILITY LATTICE PROGRAM                        *
*                                 Julian Gale                                  *
*                       Curtin Institute for Computation                       *
*                    School of Molecular and Life Sciences                     *
*                    Curtin University, Western Australia                      *
********************************************************************************
* Version = 6.0.0 * Last modified =  17th March 2021                           *
********************************************************************************


!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
!! ERROR : input file is empty
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!


Program terminated by processor     0 in           getkeyword

请高手指教。

wanlichuan

今天是2023.1.25，我在GULP官网上看到的最新版是6.1.2啊？楼主是怎么找到6.1.3版本的？  我用楼主的方法可以成功编译6.1.2版，但还是会出现“ERROR : input file is empty”的错误。请赐教。

2023.1.13更新   实测GULP6.1.3仍然可以如此编译并行版本

biogon

wanlichuan 发表于 2023-1-25 12:32
今天是2023.1.25，我在GULP官网上看到的最新版是6.1.2啊？楼主是怎么找到6.1.3版本的？  我用楼主的方法可 ...

打错了，是6.1.2，文件为空的问题和gulp无关，检查文件

gog

biogon 发表于 2021-11-26 09:41
免费开源软件是，去网站上就能下载

edu邮箱免费申请。

wanlichuan

biogon 发表于 2023-1-25 22:20
打错了，是6.1.2，文件为空的问题和gulp无关，检查文件

终于搞清楚了，是MPI没有装好。
用下面的指令运行程序自带的example1会出现“ERROR : input file is empty”错误：
gulp < example1.gin > example1.gou
但是用以下指令都可以成功运算：
mpirun -np 1 gulp example1  （用“mpirun -np 2 gulp example1” 就会出错）
或：gulp example1  （用“gulp example1.gin”就会出错）
发现学gulp有一个很好的论坛：
https://matsci.org/c/gulp/26
gulp的开发者Julian Gale亲自回答问题，并且很及时。
更重要的是，访问这个论坛不需要梯子。

biogon

wanlichuan 发表于 2023-1-28 12:34
终于搞清楚了，是MPI没有装好。
用下面的指令运行程序自带的example1会出现“ERROR : input file is emp ...

你发的这个链接怎么提示找不到

wanlichuan

biogon 发表于 2023-1-28 14:44
你发的这个链接怎么提示找不到

刚刚又登陆看了看，一切正常啊。

biogon

gog 发表于 2023-1-27 19:26
edu邮箱免费申请。

好像随便用一个邮箱就能申请到辕马

dongsong

请教一下，这个软件下载链接是不是要梯子才能申请，刚申请了但打不开下载链接