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[新手求助] 关于化学符号问题和分子体系带电情况求助

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楼主
本帖最后由 zhb 于 2022-4-13 16:53 编辑

老师,打扰您一下,如图这个分子化学结构式的符号我有些不明白:1.红色箭头指这个符号是什么意思呢?
2.蓝色箭头指的位置标记了一个+号,那意思是整个分子是带一个正电荷吗?而且我在GaussView构建分子时显示共181个电子。

3.如果整体带1个正电荷的话,优化和计算激发能我想选用B3LYP-D3/6-311G(d,p)计算级别合理吗?
麻烦老师啦,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-12-18 01:01:32 | 只看该作者 Only view this author
1. 表示这个分子处于激发态,而且激发主要是局限于框住的范围内
2. N原子带一个形式电荷。因为其他原子都不带形式电荷,所以总电荷为1。如果其他地方有个-,那总电荷就是0。GaussView里必须手动指定电荷
3. 先跑一个计算(任何不算太离谱的理论级别都行),看看你要算的激发态是不是电荷转移激发态,如果不是,你用的理论级别可以;如果是,那么泛函建议改成M06-2X、CAM-B3LYP-D3或wB97X-D。此外注意恰当考虑溶剂模型


Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-18 09:09:11 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-12-18 01:01
1. 表示这个分子处于激发态,而且激发主要是局限于框住的范围内
2. N原子带一个形式电荷。因为其他原子都 ...

谢谢老师,老师那“GaussView里必须手动指定电荷”意思是在GaussView里指定N原子带1个正电荷吗?我没有找到怎么指定呢,是需要写什么关键词吗?还是只需要在输入文件整体电荷和自旋写1 1 去计算即可。再次麻烦您。谢谢

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发表于 Post on 2021-12-18 13:19:56 | 只看该作者 Only view this author
zhb 发表于 2021-12-18 09:09
谢谢老师,老师那“GaussView里必须手动指定电荷”意思是在GaussView里指定N原子带1个正电荷吗?我没有找 ...

只需要在输入文件整体电荷和自旋写1 1 去计算即可。
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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