计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 3902|回复 Reply: 9
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 在势垒计算的时候BSSE如何考虑

[复制链接 Copy URL]

67

帖子

0

威望

369

eV
积分
436

Level 3 能力者

本帖最后由 radical 于 2021-12-29 21:59 编辑

计算过渡态与PRC的势垒的时候发现势垒是负值,约为-0.5kcal,看了sob老师的帖子http://sobereva.com/46后,了解可能是由于BSSE的干扰,但现在不知道,要计算的是反应物A、B和PRC之间的误差,还是PRC与TS之间的误差。从PRC叫做反应前复合物感觉应该是第一种,但是这样也只能让PRC的能量更高,没法解决势垒是负值的问题,有大神可以解惑吗?

反应是氢氧自由基进攻偶氮苯上的邻位碳,寻找过渡态的关键词:opt=(calcfc,ts) freq b3lyp/6-311+g(d) iop(2/16=1,1/11=1) optcyc=1000;构型优化的关键词: opt freq b3lyp/6-311+g(d)

具体反应如图


具体的能量变化



6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-12-29 19:37:45 | 只看该作者 Only view this author
把具体情况交代清楚,反应式画出来,当前用的关键词全都贴出来

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

67

帖子

0

威望

369

eV
积分
436

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-29 22:00:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-29 19:37
把具体情况交代清楚,反应式画出来,当前用的关键词全都贴出来

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题 ...

明白了,sob老师,已经修改过了

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2021-12-30 00:17:01 | 只看该作者 Only view this author
优化加上DFT-D3校正,然后单点用M06-2X/def2-QZVPP计算再求势垒看什么情况
当前级别对于算能量太low
跟BSSE没直接关系
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

194

帖子

0

威望

3694

eV
积分
3888

Level 5 (御坂)

5#
发表于 Post on 2021-12-30 07:12:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 scf 于 2021-12-30 07:36 编辑

扫一下IRC看看吧,从原理上说过渡态应该处于IRC曲线的电子能量的最高点,而且应该和BSSE无关,因为正常情况下即使有BSSE势能面也是比较平滑的。PRC的电子能量高于TS,我觉得可能是找的TS和PRC并不在一个IRC上。键线式的PRC似乎是一个van der Waals complex, 但目测球棍图的C-H已经偏离平衡位置很多了。

在不描述清楚体系的情况下回答问题倒也有可能,比如为什么MIT不用SICP当教材
https://stereobooster.com/posts/ ... -and-closed-source/
Sussman pointed out that engineers now routinely write code for complicated hardware that they don’t fully understand (and often can’t understand because of trade secrecy.)

67

帖子

0

威望

369

eV
积分
436

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-30 16:26:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-30 00:17
优化加上DFT-D3校正,然后单点用M06-2X/def2-QZVPP计算再求势垒看什么情况
当前级别对于算能量太low
跟BS ...

谢谢sob老师,对PRC做RDG后,看到自由基与苯环上的碳相互作用主要是氢键,对这个PRC加上DFT-D3重新优化,但对于过渡态需要加DFT-D3重新找吗

67

帖子

0

威望

369

eV
积分
436

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-30 16:32:15 | 只看该作者 Only view this author
scf 发表于 2021-12-30 07:12
扫一下IRC看看吧,从原理上说过渡态应该处于IRC曲线的电子能量的最高点,而且应该和BSSE无关,因为正常情况 ...

每个过渡态都做过IRC了,PRC也是在这个基础上优化得到的,看IRC曲线像是个无势垒过程

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2021-12-30 16:41:06 | 只看该作者 Only view this author
radical 发表于 2021-12-30 16:26
谢谢sob老师,对PRC做RDG后,看到自由基与苯环上的碳相互作用主要是氢键,对这个PRC加上DFT-D3重新优化, ...

D3显然要加就都加
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

67

帖子

0

威望

369

eV
积分
436

Level 3 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-1 17:34:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-30 00:17
优化加上DFT-D3校正,然后单点用M06-2X/def2-QZVPP计算再求势垒看什么情况
当前级别对于算能量太low
跟BS ...

老师,我用的高斯是09c没法算色散,直接拿老师您说的方法做单点能,势垒变成46千卡,感觉变化太大了,我又拿同样的方法算了一下进攻N位的势垒,和原先用B3LYP只差1千卡,不知道是咋回事

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2022-1-1 23:53:16 | 只看该作者 Only view this author
radical 发表于 2022-1-1 17:34
老师,我用的高斯是09c没法算色散,直接拿老师您说的方法做单点能,势垒变成46千卡,感觉变化太大了,我 ...

“09c没法算色散”大错特错
M06-2X、wB97XD等泛函都能不错地描述色散作用
仔细看此文
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
不要把是否支持DFT-D3视为程序能否计算明显涉及色散作用的问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 01:58 , Processed in 0.173226 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list