求助质子转移过渡态优化

yujinhang · 发表于 Post on 2022-2-6 07:40:56

已经将最高点附近重新扫描，坡度已经够缓和了。但扫完H还是和碳相连了。怎么办接下来？？？求各位大佬帮帮忙。

Satoru · 发表于 Post on 2022-2-6 10:07:48

可以试一下opt里加一下gdiis,maxstep=10，柔性扫描得到的结构离过渡态应该比较接近了，步长小一点可能比较稳妥；

另外就是一点个人的经验...比如最后H跑到C上去了的话，可以试试把C-H拉长一点（比如0.1 angstrom）但N-H不变，固定C-H和N-H做限制性优化，然后再做opt=(TS,nofreeze,....)
以sob老师详谈使用Gaussian做势能面扫描（http://sobereva.com/474）文图为例，原理上大概是没有被扫描但是在过渡态里涉及的键长在扫描最高点附近变化比较剧烈，所以可能需要手动调整

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2022-2-6 10:14:30

关于GView显示成键的问题，见http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html，在页面里搜索“观看结构有异常的成键、断键”
你这最终收敛的过渡态不对，收敛到甲基旋转的过渡态了。
我的建议，可以把与反应中心明显无关的结构去掉，比如苯环全都扔掉，甲苯磺酰胺改成甲磺酰胺，大大节约计算量，找到过渡态之后再把过渡态反应中心的结构参数用在你的实际体系。

yujinhang · 发表于 Post on 2022-2-6 11:04:43

北大-陶豫发表于 2022-2-6 10:14
关于GView显示成键的问题，见http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html，在页面里搜索“观看结构有异常 ...

假设我在把苯环全部扔掉后找到了过渡态，后期把结构在加回来之后，还是需要走一遍过渡态优化是吧。这时候甲基旋转就没影响了？

sai77 · 发表于 Post on 2022-2-6 14:43:10

建议过渡态优化的时候随时打开输出文件查看结果，你这109步的时候H就已经转移到C上了，后面跑的一百多步都是无用功啊，浪费时间。
另外建议使用高斯16，可以用recalc=N关键词，提高找到过渡态的准确率。

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2022-2-6 15:39:58

yujinhang 发表于 2022-2-6 11:04
假设我在把苯环全部扔掉后找到了过渡态，后期把结构在加回来之后，还是需要走一遍过渡态优化是吧。这时候 ...

是还要再走一遍，但由于这次结构相当接近正确的过渡态了，一般很快就能找到过渡态了。

yujinhang · 发表于 Post on 2022-2-6 16:04:00

Satoru 发表于 2022-2-6 10:07
可以试一下opt里加一下gdiis,maxstep=10，柔性扫描得到的结构离过渡态应该比较接近了，步长小一点可能比较 ...

老师，我用你的方法走了，过渡态是找到了但是有个小虚频。怎么办

yujinhang · 发表于 Post on 2022-2-6 16:11:33

北大-陶豫发表于 2022-2-6 15:39
是还要再走一遍，但由于这次结构相当接近正确的过渡态了，一般很快就能找到过渡态了。

老师按你的方法我已经结构替换在走了。甲磺酰胺的过渡态找到了。

Satoru · 发表于 Post on 2022-2-6 16:38:09

yujinhang 发表于 2022-2-6 16:04
老师，我用你的方法走了，过渡态是找到了但是有个小虚频。怎么办

就按正常的方法消虚频吧，按照不要的虚频振动模式，用gview观看振动窗口里的manual displacement或者手掰，然后再做opt=TS或者限制性优化再opt=TS

yujinhang · 发表于 Post on 2022-2-6 16:58:34

Satoru 发表于 2022-2-6 16:38
就按正常的方法消虚频吧，按照不要的虚频振动模式，用gview观看振动窗口里的manual displacement或者手掰 ...

老师手动扳0.5的话很接近碳原子这个质子。那我稍微微调个0.15？还有我继续在优化的时候gdiis,maxstep=10这个关键词也要一起加上的吧。

yujinhang · 发表于 Post on 2022-2-6 18:17:31

Satoru 发表于 2022-2-6 16:38
就按正常的方法消虚频吧，按照不要的虚频振动模式，用gview观看振动窗口里的manual displacement或者手掰 ...

手动拉消除虚频宣告失败。氢直接和氮连起来了。

yujinhang · 发表于 Post on 2022-2-6 18:26:13

Satoru 发表于 2022-2-6 16:38
就按正常的方法消虚频吧，按照不要的虚频振动模式，用gview观看振动窗口里的manual displacement或者手掰 ...

#p M062X/def2svp opt(ts,calcfc,noeigen,gdiis,maxstep=10,tight) freq SCRF=(solvent=dichloroethane) int=superfine
这样尝试下可以吗

Satoru · 发表于 Post on 2022-2-6 19:19:48

yujinhang 发表于 2022-2-6 18:26
#p M062X/def2svp opt(ts,calcfc,noeigen,gdiis,maxstep=10,tight) freq SCRF=(solvent=dichloroethane) ...

可以试下...但是用superfine的话其他结构也需要加

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2022-2-7 11:17:26

本帖最后由 liyuanhe211 于 2022-2-7 11:18 编辑

用于扫描的初始构象中的-C-C=C-N...H...C-C=C-八元环摆的拧，直觉上或许不是最优构象，可以手画想一想质子转移时哪种构象最好，调好构象后重新扫描。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Gaussian/gview] 求助质子转移过渡态优化

评分 Rate