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[Gaussian/gview] 卡笛尔坐标问题。在线等

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一开始用#p M062X/def2svp opt=tight freqSCRF=(solvent=dichloroethane) int=superfine,对我的原料结构进行优化。报错显示 FormBX had a problem.查了帖子说要用卡笛尔坐标,于是将关键词改为了#p M062X/def2svp opt=(cartesian,tight) freq SCRF=(solvent=dichloroethane) int=ultrafine。之后一直link9999,是不是卡笛尔坐标和别的关键词起冲突了。我的原料结构如下图。



EQ$70}SGQ)L})N[$9%HV.png (75.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 40)

原料存在炔键。

原料存在炔键。

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发表于 Post on 2022-2-6 15:52:58 | 只看该作者 Only view this author
提问的时候不要整些“在线等”“救救孩子”“???”之类的话语,显得极其浮躁,让人反感。看:
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 7&fromuid=19420
(以上模仿社长说话)
一般来说 FormBX had a problem 前面都会说 Dihedral x-x-x-x(原子编号) failed,你看一下编号就会发现这四个原子共线了,自然无法定义二面角。
解决方法就是把报错的 log 文件用 GView 打开,然后Ctrl+G 重新拿出最后一步结构,继续计算,这时候高斯会自动重新生成内坐标。

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现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2022-2-6 15:56:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-2-6 15:57 编辑

有个小问题,是“笛卡尔”坐标不是“卡笛尔”坐标
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-6 16:12:48 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2022-2-6 15:52
提问的时候不要整些“在线等”“救救孩子”“???”之类的话语,显得极其浮躁,让人反感。看:
在网上求 ...

知道了。下次会注意的。

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发表于 Post on 2022-2-6 17:53:34 | 只看该作者 Only view this author
不要因为Cartesian是ca的音在前面te的音在后面,就以为是“卡笛尔”。
“笛卡尔”是哲学家Descartes的音译,按法语发音De后面的s不发音,最后的es也不发音,所以才译成“笛卡尔”(理论上最后还有个t的音,不过译成中文的时候丢掉了)。英语在把Descartes形容词化的时候去掉了前面的Des,所以叫Cartesian coordinates而非Descartesian coordinates。但是按中文习惯,不能盲目仿照英文把“笛卡尔”的“笛”丢掉,不然满大街都是卡尔,谁也不知道卡尔是谁。所以中文仍然叫笛卡尔坐标

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丁越 + 2 学习了,刚开始学的时候老是混淆hhh

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-2-6 17:59:51 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-2-6 17:53
不要因为Cartesian是ca的音在前面te的音在后面,就以为是“卡笛尔”。
“笛卡尔”是哲学家Descartes的音译 ...

卡尔是个杀手

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-7 00:15:59 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2022-2-6 15:52
提问的时候不要整些“在线等”“救救孩子”“???”之类的话语,显得极其浮躁,让人反感。看:
在网上求 ...

计算了8h.link9999。参照文献的坐标修改了结构的,有必要拿最后一帧继续优化吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-7 00:17:24 | 只看该作者 Only view this author
yujinhang 发表于 2022-2-7 00:15
计算了8h.link9999。参照文献的坐标修改了结构的,有必要拿最后一帧继续优化吗?

%mem=122880MB
%nprocshared=64
#p M062X/def2svp opt=tight freq SCRF=(solvent=dichloroethane) int=superfine
这个关键词做的优化

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发表于 Post on 2022-2-7 02:01:01 | 只看该作者 Only view this author
没事甭写tight,自找麻烦
并且仔细看
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html

没强烈必要甭用M06-2X,仔细看此文
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html
本来这体系用B3LYP优化又快又容易收敛,用M06-2X不仅慢而且由于积分格点敏感性问题容易不收敛,用M06-2X纯属自找麻烦
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-7 06:21:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-7 02:01
没事甭写tight,自找麻烦
并且仔细看
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法

sob老师,我尝试过B3LYP,我的体系做的时候效果没有M06-2x好。

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发表于 Post on 2022-2-7 13:14:17 | 只看该作者 Only view this author
yujinhang 发表于 2022-2-7 06:21
sob老师,我尝试过B3LYP,我的体系做的时候效果没有M06-2x好。

B3LYP加D3校正了吗?

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wzkchem5 发表于 2022-2-6 17:53
不要因为Cartesian是ca的音在前面te的音在后面,就以为是“卡笛尔”。
“笛卡尔”是哲学家Descartes的音译 ...

英语的形容词Cartesian应该是来自于Descartes的拉丁语形式Cartesius,所以Des并不是英语丢掉的。关于拉丁语为什么会丢掉Des可以参考 https://latin.stackexchange.com/ ... inised-as-cartesius

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发表于 Post on 2022-2-7 13:47:49 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
hebrewsnabla 发表于 2022-2-7 13:38
英语的形容词Cartesian应该是来自于Descartes的拉丁语形式Cartesius,所以Des并不是英语丢掉的。关于拉丁 ...

没必要太纠结,毕竟规则中有带有一定的任意性,最终得看是否被普遍接受下来了。外文姓名的中文化虽然现在也制定了很多规则,但总有很多例外。拉丁化也如此

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发表于 Post on 2022-2-7 14:10:05 | 只看该作者 Only view this author
hebrewsnabla 发表于 2022-2-7 13:38
英语的形容词Cartesian应该是来自于Descartes的拉丁语形式Cartesius,所以Des并不是英语丢掉的。关于拉丁 ...

有个好玩的地方,Lagrange实际上是La Grange,据说连Lagrange本人也用Lagrange/La Grange两种拼写,但是形容词Lagrangian保留了冠词。所以,还是“有一定任意性”?要一个一个记

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发表于 Post on 2022-2-8 01:11:21 | 只看该作者 Only view this author
yujinhang 发表于 2022-2-7 06:21
sob老师,我尝试过B3LYP,我的体系做的时候效果没有M06-2x好。

你怎么证明优化时候没有M06-2X好?
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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