求助：amber无法识别含有connect的小分子pdb文件

sun877469558

使用cat对蛋白和金属离子以及小分子的pdb合并后，想要使用pdb4amber进行重新标号，出现如下错误，后来发现是amber无法识别pdb中键的连接信息connect部分，把connect删除掉就可以了，但是sob老师在http://bbs.keinsci.com/thread-1464-1-1.html  这个帖子4楼中回复，“连接关系的设定原理上并不会影响量化的计算结果。geom=connectivity留不留它都一样。仅对于分子力学计算连接关系是必须的。”那么针对蛋白质与小分子的分子动力学模拟，小分子pdb中的这些connect是否可以直接删除？如果是必须要反映键的链接，如何转换小分子pdb让amber识别呢？


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Summary of pdb4amber for: pro_H.pdb
===================================================
REDUCE returned non-zero exit status: See reduce_info.log for more details

----------Chains
The following (original) chains have been found:

A

---------- Alternate Locations (Original Residues!))

The following residues had alternate locations:
None
-----------Non-standard-resnames
UNL
Traceback (most recent call last):
  File "/home/sun/miniconda3/bin/pdb4amber", line 33, in <module>
    sys.exit(load_entry_point('pdb4amber==20.1', 'console_scripts', 'pdb4amber')())
  File "/home/sun/miniconda3/lib/python3.9/site-packages/pdb4amber/pdb4amber.py", line 816, in main
    run(
  File "/home/sun/miniconda3/lib/python3.9/site-packages/pdb4amber/pdb4amber.py", line 579, in run
    gaplist = pdbfixer.find_gaps()
  File "/home/sun/miniconda3/lib/python3.9/site-packages/pdb4amber/pdb4amber.py", line 208, in find_gaps
    N_atom = parm.atoms[N_atoms[i + 1]]
IndexError: list index out of range

王家小姐

我模拟的时候，在准备文件期间就把connect部分删除了，你可以试一下，不影响模拟结果

rpestana94

Erase the connection part in the pdb, it usually gives problems, what I usually do is load the molecules separated and then combine them in LeaP, using the combine keyword

sun877469558

王家小姐 发表于 2022-3-1 20:09
我模拟的时候，在准备文件期间就把connect部分删除了，你可以试一下，不影响模拟结果

好的，谢谢