计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 4404|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 采用超级懒人脚本拟合oplsaa力场的resp原子电荷时,Gaussian报错

[复制链接 Copy URL]

4

帖子

0

威望

233

eV
积分
237

Level 3 能力者

本帖最后由 leonardomessi 于 2022-3-2 22:36 编辑

超级懒人脚本链接http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html
下列是Gaussian输出文件(附件也有)
Entering Gaussian System, Link 0=g16
Initial command:
/public/software/.local/easybuild/software/gaussian/Gaussian_16/g16/l1.exe "/home/cloudam/hmc/gaussian_multiwfn_produce_charge/scratch/Gau-22220.inp" -scrdir="/home/cloudam/hmc/gaussian_multiwfn_produce_charge/scratch/"
Entering Link 1 = /public/software/.local/easybuild/software/gaussian/Gaussian_16/g16/l1.exe PID=     22221.

Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009,2016,
            Gaussian, Inc.  All Rights Reserved.

This is part of the Gaussian(R) 16 program.  It is based on
the Gaussian(R) 09 system (copyright 2009, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.

This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.

This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.

The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:

                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND

Use, reproduction and disclosure by the US Government is
subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.

Gaussian, Inc.
340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492


---------------------------------------------------------------
Warning -- This program may not be used in any manner that
competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
of this program is prohibited from giving any competitor of
Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------


Cite this work as:
Gaussian 16, Revision A.03,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, X. Li, M. Caricato, A. V. Marenich,
J. Bloino, B. G. Janesko, R. Gomperts, B. Mennucci, H. P. Hratchian,
J. V. Ortiz, A. F. Izmaylov, J. L. Sonnenberg, D. Williams-Young,
F. Ding, F. Lipparini, F. Egidi, J. Goings, B. Peng, A. Petrone,
T. Henderson, D. Ranasinghe, V. G. Zakrzewski, J. Gao, N. Rega,
G. Zheng, W. Liang, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda,
J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai,
T. Vreven, K. Throssell, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta,
F. Ogliaro, M. J. Bearpark, J. J. Heyd, E. N. Brothers, K. N. Kudin,
V. N. Staroverov, T. A. Keith, R. Kobayashi, J. Normand,
K. Raghavachari, A. P. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar,
J. Tomasi, M. Cossi, J. M. Millam, M. Klene, C. Adamo, R. Cammi,
J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, O. Farkas,
J. B. Foresman, and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2016.

******************************************
Gaussian 16:  ES64L-G16RevA.03 25-Dec-2016
                 2-Mar-2022
******************************************
%chk=gau.chk
----------------------------------------------------------------------
# B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ scrf(solvent=water) pop=MK IOp(6/33=2,6/42=6
) geom=allcheck guess=read
----------------------------------------------------------------------
1/29=7,38=1,172=1/1;
2/12=2,40=1/2;
3/5=44,7=101,11=2,14=-4,25=1,30=1,70=2201,72=1,74=-5,116=-2,124=41/1,2,3;
4/5=1/1;
5/5=2,38=6,53=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,15=8,20=1,28=1,33=2,42=6/1,2;
99/5=1,9=1/99;
Structure from the checkpoint file:  "gau.chk"
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20502 Len=         100 IPos=           4 Q=        202040064


dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    16 SizExt =    524288 WInBlk =    131072
                   defal = F LstWrd =     2228224 FType=2 FMxFil=10000

Number              0           501           502           598           801           988
Base          2097152        917504       1572864       1703936       1966080       1179648
End           2228224        918504       1576969       1703938       1966086       1249652
End1          2228224       1048576       1703936       1835008       2097152       1310720
Wr Pntr       2097152        917504       1572864       1703936       1966080       1179648
Rd Pntr       2097152        917504       1572864       1703936       1966080       1249652
Length         131072          1000          4105             2             6         70004
Int.Num             1             2             3             4             5             6

Number            989           991           992           993           994           995
Base          1048576       1441792       1310720        786432        131072        655360
End           1068576       1448354       1310730        786632        131102        655380
End1          1179648       1572864       1441792        917504        262144        786432
Wr Pntr       1048576       1441792       1310720        786432        131072        655360
Rd Pntr       1048576       1448354       1310730        786632        131102        655380
Length          20000          6562            10           200            30            20
Int.Num             7             8             9            10            11            12

Number            996           997           998           999
Base           393216        524288        262144       1835008
End            393416        524434        262344       1937512
End1           524288        655360        393216       1966080
Wr Pntr        393216        524288        262344       1835008
Rd Pntr        393416        524434        262344       1837512
Length            200           146           200        102504
Int.Num            13            14            15            16


dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =     1 SizExt =         0 WInBlk =    131072
                   defal = F LstWrd =      262144 FType=2 FMxFil=10000

Number              0
Base           131072
End            262144
End1           262144
Wr Pntr        131072
Rd Pntr        131072
Length         131072
Int.Num             1


dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =    131072
                   defal = F LstWrd =      262144 FType=2 FMxFil=10000

Number              0
Base           131072
End            262144
End1           262144
Wr Pntr        131072
Rd Pntr        131072
Length         131072
Int.Num             1
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20502 Len=         100 IPos=           4 Q=        202040064
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

gaussian.7z

3.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-3-2 21:46:49 | 只看该作者 Only view this author
那叫原子电荷不叫原子电核

不知道你所谓的“超级懒人脚本拟合oplsaa力场的原子电核”具体指什么,提到我的文章的时候要给清楚链接。如果是下文的脚本,和你上传的文件根本就不对应
计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/585
如果是下文的脚本,根本就不是专用于OPLS-AA力场的
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http://sobereva.com/476http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html

想得到别人准确的回复,提问时候绝对不要敷衍,仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

该写到帖子内容的信息绝对不要只写在标题里。

从提示明显可看出几何优化那一步报错了,要上传/查看也应当是对几何优化那一步的输出文件,而非第二步的单点任务输出文件。



北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

4

帖子

0

威望

233

eV
积分
237

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-2 22:18:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 leonardomessi 于 2022-3-2 22:35 编辑
sobereva 发表于 2022-3-2 21:46
那叫原子电荷不叫原子电核

不知道你所谓的“超级懒人脚本拟合oplsaa力场的原子电核”具体指什么,提到我 ...

好的,老师,我下次注意,帖子内容我已经修改,麻烦您再给看一下,谢谢老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2022-3-2 22:37:49 | 只看该作者 Only view this author
leonardomessi 发表于 2022-3-2 22:18
好的,老师,我下次注意,帖子内容我已经修改,麻烦您再给看一下,谢谢老师

上面我该说的都说了
改脚本,把优化任务的out文件保留下来,检查内容判断原因
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 22:40 , Processed in 0.188646 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list