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[GROMACS] 求助如何建立含有聚合物与小分子体系的拓扑文件

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本帖最后由 高处裹棉被 于 2022-3-8 21:45 编辑

各位老师好,我之前采用MS的Amorphous Cell Calculation功能在COMPASS力场下构建了含线性聚合物与小分子的体系,将其输出mol2文件后想用sobtop重新在GAFF力场下获得其拓扑文件,但是得到的itp文件中键参数部分出现大量missing,请问该如何解决,或者是否有其它更快捷的方法?
谢谢各位老师!

PET.gro

77.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

PET.itp

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PET.top

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PET.mol2

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Polyethylene_terepthalate.xsd

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发表于 Post on 2022-3-8 21:36:30 | 只看该作者 Only view this author
上传具体结构文件、你得到的拓扑文件,具体看看才能回答


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-8 21:46:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-8 21:36
上传具体结构文件、你得到的拓扑文件,具体看看才能回答

老师,我上传完毕了,这个体系包含了重复单元为10的PET,100个水分子和400个CO2分子

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发表于 Post on 2022-3-8 22:07:16 | 只看该作者 Only view this author
build建立一条聚合物链,存为mol2,然后sobtop去产生itp。用ac建立水溶液盒子后再用sobtop是不可取的。

但我只会用最原始的方法,手动去复制resp电荷到itp里面,正在考虑有啥办法可以快速去替换。

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发表于 Post on 2022-3-8 22:13:19 | 只看该作者 Only view this author
你的用法完全不对,感觉你太缺乏GROMACS基本常识

体系存在一个以上分子的时候,必须每种分子单独产生拓扑文件,然后都include到主top文件里去,并且在[molecules]里按照结构文件里分子出现顺序恰当填入各种分子名及其数目。绝对不能把整个体系的结构直接用于产生拓扑文件。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-8 22:36:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-8 22:13
你的用法完全不对,感觉你太缺乏GROMACS基本常识

体系存在一个以上分子的时候,必须每种分子单独产生拓 ...

谢谢老师,我初学一周,我再去试一试

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