QM；QM/MM和QM/MM MD应该选择哪种软件组合？

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-4-10 15:09:02

本帖最后由 sun877469558 于 2022-4-10 15:14 编辑

蛋白与小分子的相关QM计算，在github上看到huichenggong博士发的一张图片和文献推荐，以下是原网址
https://github.com/huichenggong/ ... ee/main/CC_news_009

对于QM簇模型
Gaussian

对于QM/MM
1.Gaussian
2.Chemshell+ORCA3.Chemshell+Turbomole

对于QM/MM MD
1.Amber与ORCA
2.Amber与Gaussian
3.Amber+Qchem
4.gmx+CP2K
5.NAMD+ORCA

请问各位老师，我有几点疑问
1. QM团簇的话，sob老师有帖子回复也有撰文指出要善用团簇，但也在其他帖子发现在审稿人的回复中，被质疑为什么不用QM/MM（见过好几个被这样质疑的），做的团队通常是Himo教授，是要坚持搞簇模型还是转QM/MM？
2.对于QM/MM来说是不是Gaussian在某些方面不如Chemshell，如果使用的话综合选择哪个？
3.QM/MM MD，有很多组合可以搞，这些组合有什么优缺点？如果是要用的话，跟问题2中的类似，综合评价用哪种呢？

以上问题比较宽泛，可能不同计算体系有不同的搭配方式，比如有些速度精度有些周期性边界有些特定的功能，还请各位老师解答

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-11 03:50:57

1 显然要搞清楚有什么必要用QM/MM。此文已经说得很明白了：
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597
当簇取得足够大，感兴趣的区域的周遭就已经直接纳入到QM了，边界效应对于关注的问题的影响就已经微乎其微了，就根本没必要用QM/MM中的MM来近似描述周围环境。除非是有些特殊情况，诸如整体构象必须靠MM来维持，而无法靠简单地冻结边界来处理。必要性结合实际问题判断。

2 Gaussian根本不支持QM/MM。必须明确分清楚QM/MM和ONIOM(QM:MM)。ORCA倒是两种都直接支持，也不需要挂Chemshell之类。

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-4-12 14:40:33

sobereva 发表于 2022-4-11 03:50
1 显然要搞清楚有什么必要用QM/MM。此文已经说得很明白了：
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分 ...

感谢sob老师回复，假如只考虑chemshell，看了很多酶小分子文章QM和MM分别 Turbomole以及DL_POLY(Amber力场)，如果是Free软件的话，推荐考虑哪种呢，如果QM是NWCHem，MM如何选择呢？

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