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[GROMACS] 求助如何计算不同区域的MSD

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请问如何计算不同区域的MSD,gromacs可以实现模型区域的划分吗?文献中计算了外部,中部,内部三个区域水分子的MSD

外部 中部 内部水分子的均方位移.png (99.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

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发表于 Post on 2022-4-11 04:01:46 | 只看该作者 Only view this author
gmx msd直接用的话,顶多是设置索引文件,在里面定义不同的组对应不同的区域,并假定三个组里的水在模拟过程中始终呆在原本的区域里(当然实际肯定会不符,程度看情况)。
严格地计算只能自己写脚本,对每帧都实际判断各个区域里的水

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-11 09:35:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-11 04:01
gmx msd直接用的话,顶多是设置索引文件,在里面定义不同的组对应不同的区域,并假定三个组里的水在模拟过 ...

好的 谢谢

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发表于 Post on 2023-8-16 10:05:25 | 只看该作者 Only view this author
您好,老师!请问计算不同区域MSD实现了吗?

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发表于 Post on 2023-11-3 09:49:20 | 只看该作者 Only view this author
请问下这是哪一篇文献呀?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-14 21:20:56 | 只看该作者 Only view this author
chieko 发表于 2023-11-3 09:49
请问下这是哪一篇文献呀?谢谢!

https://doi.org/10.1039/C9CP03798E

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