请问Gaussian可以获得优化结构中单独某一个分子的构象能和某两个分子的结合能吗？

UTM · 发表于 Post on 2022-4-10 20:35:03

如题，请问各位老师和同学，已经得到的Gaussian优化的结构有几个分子，有办法获得其中一个分子的构象能和某两个分子的结合能（如使两个分子结合的氢键的能量）吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-4-10 21:28:15

没有构象能这个说法，只能计算两个构象的相对能量，或者一个构象的总能量，而不可能计算一个构象的构象能。
至于结合能，你想算这个分子分别和两个分子结合的结合能，还是同时和两者结合时的总结合能，还是同时和两者结合时两根氢键分别对应的结合能？

UTM · 发表于 Post on 2022-4-10 21:30:28

是否可以通过手动把优化后结构里的两个分子的坐标提取出来，然后直接计算单点能呢？

UTM · 发表于 Post on 2022-4-10 21:34:34

wzkchem5 发表于 2022-4-10 21:28
没有构象能这个说法，只能计算两个构象的相对能量，或者一个构象的总能量，而不可能计算一个构象的构象能。 ...

是一个分子同时和不同的三个分子形成氢键，我想算这三个氢键的能量。对于单个分子的构象也只想知道目前单个构象的能量和其他构象进行对比。

chands · 发表于 Post on 2022-4-10 21:35:25

UTM 发表于 2022-4-10 21:30
是否可以通过手动把优化后结构里的两个分子的坐标提取出来，然后直接计算单点能呢？

但是你不知道这两个分子是通过什么方式结合的鸭，你如果把这两个分子的坐标放一起，还得优化一次。

UTM · 发表于 Post on 2022-4-10 21:39:42

chands 发表于 2022-4-10 21:35
但是你不知道这两个分子是通过什么方式结合的鸭，你如果把这两个分子的坐标放一起，还得优化一次。

从原子之间的距离来看应该是氢键，如果拿出来重新优化的话肯定就和之前优化的结构不一样了，会形成别的氢键。

chands · 发表于 Post on 2022-4-10 21:47:45

UTM 发表于 2022-4-10 21:39
从原子之间的距离来看应该是氢键，如果拿出来重新优化的话肯定就和之前优化的结构不一样了，会形成别的氢 ...

能不能把这两个分子扭一下，使得只有一个氢键。这种情况下可能没法严格计算某个氢键的键能（大佬指正）。Sob老师的帖子参考一下
http://sobereva.com/522

UTM · 发表于 Post on 2022-4-10 21:56:26

chands 发表于 2022-4-10 21:47
能不能把这两个分子扭一下，使得只有一个氢键。这种情况下可能没法严格计算某个氢键的键能（大佬指正）。 ...

其实矛盾本质就是如果单独优化的话酰胺基的N-H和C=O会同时和水分子形成氢键，但是在实际的结构里水分子是和不同的分子以氢键的方式结合的，所以单独计算结果肯定是不准的

chands · 发表于 Post on 2022-4-10 22:40:42

UTM 发表于 2022-4-10 21:56
其实矛盾本质就是如果单独优化的话酰胺基的N-H和C=O会同时和水分子形成氢键，但是在实际的结构里水分子是 ...

我猜你的意思是，如果单独优化，酰胺基的N-H和C=O会与同一个水分子形成两个氢键？不妨试一下让酰胺基的N-H与C=O与两个水分子形成两个氢键，试一下键扭转或限制性优化（帖子第3节），我想社长那几个方法能解决你的问题。http://sobereva.com/522

UTM · 发表于 Post on 2022-4-10 23:02:50

chands 发表于 2022-4-10 22:40
我猜你的意思是，如果单独优化，酰胺基的N-H和C=O会与同一个水分子形成两个氢键？不妨试一下让酰胺基的N- ...

是的，感谢您的回答，我去仔细读一下这篇帖子。

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