求助：请教各位大佬，如何成功安装AMBER20并行版本

robert2005

各位大佬好！在http://bbs.keinsci.com/thread-17512-1-3.html这个帖子里面的AMBER20安装步骤，对此我提出了几点疑问，比如对于$AMBERHOME具体路径的疑惑等，
按照该教程和网上谷歌的教程，我分别在CENTOS7,CENTOS8,UBUNTU20.04等操作系统均安装了N多次AMBER20的并行版本，没有一次安装成功的,每次都显示类似的错误
error: Cannot link MPI programs. Check your configuration!!!
每次都是安装到21%左右，build mpi4py-3.0.3时候出错了
collect2: error: ld returned 1 exit status
failure.
removing: _configtest.c _configtest.o
error: Cannot link MPI programs. Check your configuration!!!
make[2]: *** [AmberTools/src/mpi4py-3.0.3/CMakeFiles/mpi4py.dir/build.make:288: AmberTools/src/mpi4py-3.0.3/CMakeFiles/mpi4py-build/mpi4py-build.stamp] Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:3280: AmberTools/src/mpi4py-3.0.3/CMakeFiles/mpi4py.dir/all] Error 2
make: *** [Makefile:156: all] Error 2
查到貌似要将GCC升级到9以上，虽然官网给出结果说9以下也可以，
官方列出的自带的4.8.5或8.5.0都是可以的 https://ambermd.org/InstSingularity.php
但是谷歌出来的AMBER20安装教程，只要是在CENTOS7或8上的安装教程都有一个步骤，即要升级GCC到9左右等，这样看来AMBER20对GCC版本还是有要求的。
而且谷歌出来amber官方邮件中给的建议也是GCC版本最好在9以上，
又参考UBUNTU20.04的教程，因为这个系统自带GCC版本是9.3，安装AMBER20的教程中就不用升级GCC，直接安装的。
知乎的并行安装AMBER20视频里面的GCC版本也是9.3，我在虚拟机里面安装了UBUNTU20.04,但是我还是没有成功安装并行版，还是一样的错误。
有人说用miniconda安装了一个openmpi后解决了上述错误。但是我试了以下还是这个错误，可能还有些细节我没有做到，但是不知道哪些细节。
又谷歌AMBER官方邮件发现这个错误很多人都遇到过，但是貌似没有解决，官方有个建议是在run_cmake文件中加入不使用PYTHON，貌似就没有这个错误了，但是所有与PYTHON相关功能都无法使用了。
这样显然是不合适的。
所以想在这里继续求助各位大佬，如何能成功安装并行版的AMBER20，有没有详细一点的步骤，比如包含完整安装细节的。
折腾了好几周了，网上的安装教程都试了，都是一样的错误。郁闷啊！

abin

我签名链接中有可用版本，
仔细找。

rpestana94

Try with this https://www.x-mol.com/groups/Dong/news/2155

sylar

按这个试试

Frozen-Penguin

关于安装mpi4py的问题，可以尝试直接pip install mpi4py，可能出现和amber安装过程中相同的错误，可以用这种方法测试是否能安装mpi4py，不用每次都等amber的安装程序。
如果错误原因是libmpi.so相关的，基本上可以确定是mpi安装有问题，可以尝试用anaconda。
安装miniconda3
source activate
conda create -n py4amber
conda activate py4amber
conda install openmpi -c conda-forge
然后用pip install mpi4py测试能否成功安装mpi4py

robert2005

sylar 发表于 2022-4-16 11:14
按这个试试

按这个试过了，这个和网上的教程一样的，还是一样的错误，您用这个安装成功了？

robert2005

rpestana94 发表于 2022-4-15 22:35
Try with this https://www.x-mol.com/groups/Dong/news/2155

这个和我找的一些教程一样的，还是一样的错误，您安装成功了？哪个LINUX版本啊？GCC在9以上？

sylar

robert2005 发表于 2022-4-18 10:00
按这个试过了，这个和网上的教程一样的，还是一样的错误，您用这个安装成功了？

成功，这就是我写的，mpirun -V能出来版本吗

robert2005

mpirun -V结果能出来版本

rpestana94

robert2005 Posted on 2022-4-17 21:02
This is the same as some of the tutorials I found, or the same error, did you install it successfully? Which LINUX version ah? GCC above 9?

No, if I remember correctly I don't use GCC above 9 because it has some incompatibility with cuda 10, but for GNU mpi using the command inside src folder work for me, but using mpich instead of openmpi

z9527567

不要用minicoda，如果用，就用miniconda的python3.8版本，而不是python3.9，自己替换miniconda下载包就好

robert2005

z9527567 发表于 2022-4-19 16:48
不要用minicoda，如果用，就用miniconda的python3.8版本，而不是python3.9，自己替换miniconda下载包就好

请问如何更换啊？在run_cmake脚本里面更改吗？

Acee

robert2005 发表于 2022-4-21 09:39
请问如何更换啊？在run_cmake脚本里面更改吗？

你安装amber20的时候，在./run_make的过程中他会自己下载miniconda。在amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/bin里面可以看见的python版本。你在install里面把miniconda替换一下就行。他自己下载的python3.9的。

robert2005

Acee 发表于 2022-4-21 10:32
你安装amber20的时候，在./run_make的过程中他会自己下载miniconda。在amber20_src/build/CMakeFiles/min ...

不好意思，还是没有明白该怎么替换，可否说个详细步骤？多谢！

Frozen-Penguin

robert2005 发表于 2022-4-22 16:33
不好意思，还是没有明白该怎么替换，可否说个详细步骤？多谢！

运行./run_cmake的时候会下载一个miniconda的安装文件，应该在这个目录下amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/download/，把这个文件删掉，去miniconda的网站上下载一个对应python3.8版本的miniconda安装文件放在这里，然后继续安装，如果miniconda已经装好了，把这里面的内容都删掉amber20_src/build/CMakeFiles/miniconda/install/