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[GROMACS] 求助gromacs 能量最小化时,小分子对穿盒子壁,导致小分子不完整问题

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【求助】gromacs 能量最小化时,小分子对穿盒子壁,导致小分子不完整问题
老师你们好,我想做一个SDS,TRIS环境里面的蛋白分子动力学模拟,小分子用ambertool 和 acpype 转换成了gro 并修改了 top 文件,到加离子这个步骤里面的小分子都是完整的,但是能量最小化之后会出现穿盒子的情况,一边进一边出。


我试着放大盒子,和减少分子,但是这个问题仍然会出现,很大的空间不占据,一定要穿盒子壁。


请问各位老师,这是什么原因导致的,我该怎么解决它。万分感谢!!!!!!!!

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对穿盒子壁

对穿盒子壁

minim.mdp

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发表于 Post on 2022-5-1 16:13:09 | 只看该作者 Only view this author
把能量极小化过程每一帧都写到轨迹文件里,用VMD看能量极小化的轨迹搞清楚是怎么回事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-1 16:39:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-1 16:13
把能量极小化过程每一帧都写到轨迹文件里,用VMD看能量极小化的轨迹搞清楚是怎么回事

好的谢谢老师我去试试

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发表于 Post on 2022-5-1 18:30:11 | 只看该作者 Only view this author
也可以跑一个很短时间的NPT,然后再看这个NPT的轨迹。
又菜又爱玩

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