求助：使用gromacs在水合物笼子中插入分子时遇到的问题

sj12138 · 发表于 Post on 2022-5-17 20:01:28

求助各位前辈大佬。使用gromacs在水合物笼子中插入分子时怎么才能在一个笼子中插入两个分子，如何能保证这插入的分子之间的距离不会导致爆破那？

我是使用这个命令插一个分子的
gmx insert-molecules -f I.pdb -ci CH4.pdb -ip positions-nm.dat -o CH4-I.pdb -nmol 1

牧生 · 发表于 Post on 2022-5-17 20:30:36

本帖最后由牧生于 2022-5-17 21:09 编辑

我想知道一下，你要在水合物笼子中插入什么样的分子啊。
以最常见的I型水合物为例，有两种类型的笼子，一大一小，其笼子的体积，文献中都有说明。但总体来说，水分子形成的笼子不大，一个笼子一般也就只能容纳一个甲烷或者二氧化碳，或者硫化氢的分子，或者更小的分子。如果你要在一个笼子强行放进两个氢气分子，或许行，也许不行，但我没试过。。如果是体积更大的分子，可能就不能放进笼子去了。

或许你可以试试genice这个工具J. Comput. Chem., 39, 61 (2018)
据介绍是可以把预设客体分子放到想要的位置，但感觉用起来也并不简单。

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-18 02:06:04

对于简单情况，自己用VMD程序手动把分子挪到笼子里，再保存文件就完了。用VDW方式显示体系结构，尽量让插入的分子的范德华表面和笼子没有显著交叠

sj12138 · 发表于 Post on 2022-5-22 09:45:46

牧生发表于 2022-5-17 20:30
我想知道一下，你要在水合物笼子中插入什么样的分子啊。
以最常见的I型水合物为例，有两种类型的笼子，一 ...

好的谢谢，氢分子在II型水合物小笼子中是双占据，大笼子中是四重占据的。。。

sj12138 · 发表于 Post on 2022-5-22 09:46:11

sobereva 发表于 2022-5-18 02:06
对于简单情况，自己用VMD程序手动把分子挪到笼子里，再保存文件就完了。用VDW方式显示体系结构，尽量让插入 ...

好的，谢谢sob老师

faylovesnow · 发表于 Post on 2022-8-20 09:20:06

sj12138 发表于 2022-5-22 09:46
好的，谢谢sob老师

请教一下，对于多个笼子，如何进行插入分子呢？

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