关于用packmol生成模拟盒子，怎么用于gromacs的问题

yangzhanlin

各位老师，我现在想做一个MD的模拟，目的想构建LiFSI/THF体系，摩尔比为1:2，我用packmol建立模拟盒子，放入500个LiFSI和1000个THF，但是现在我只有一个PDB文件，请问我通过什么方式获得其他文件进行gromacs模拟，我刚接触gromacs不太懂这方面，希望可以得到解惑，谢谢！

牧生

http://sobereva.com/soft/Sobtop      至少至少至少重复一下例1和例2

yangzhanlin

牧生 发表于 2022-5-23 10:21
http://sobereva.com/soft/Sobtop      至少至少至少重复一下例1和例2

请问我要用opls力场该怎么办呢

牧生

yangzhanlin 发表于 2022-5-23 12:01
请问我要用opls力场该怎么办呢

FAQ 2里面

1. CGenFF、OPLS-AA、GROMOS力场能描述的体系用GAFF/AMBER也都能描述，GAFF/AMBER不能描述的那些力场也基本不能描述，因此我不觉得有任何必要去直接支持GAFF/AMBER以外的力场。

复制代码

如果实在要用OPLS，看这个帖子中关于LigParGen的描述，http://sobereva.com/266   如果OPLS不能满足你的要求，那么，你最终还会回到sobtop

yangzhanlin

牧生 发表于 2022-5-23 13:44
FAQ 2里面

如果实在要用OPLS，看这个帖子中关于LigParGen的描述，http://sobereva.com/26 ...

好的，谢谢您的指导。

wyfgg

牧生 发表于 2022-5-23 10:21
http://sobereva.com/soft/Sobtop      至少至少至少重复一下例1和例2

老师您好，我用packmol建立了一个mix.pdb，十万原子左右，请问可以直接使用Sobtop得到拓扑文件用于Gromacs吗？

牧生

wyfgg 发表于 2022-5-24 16:07
老师您好，我用packmol建立了一个mix.pdb，十万原子左右，请问可以直接使用Sobtop得到拓扑文件用于Gromac ...

不可以。
应该使用sobtop得到每种物质的itp，然后编写.top，把这几种物质都包含进去。
详见 http://sobereva.com/soft/Sobtop/     FAQ4

wyfgg

牧生 发表于 2022-5-24 17:58
不可以。
应该使用sobtop得到每种物质的itp，然后编写.top，把这几种物质都包含进去。
详见 http://sob ...

您好，我把三种单分子的top文件合并至mix.top，并引用了三者的itp文件，运行

1. gmx grompp -f minim.mdp -c mix.pdb -p mix.top -o em.tpr
   

复制代码

报错

1. Fatal error:
   
2. Syntax error - File GDO.itp, line 3
   
3. Last line read:
   
4. '[ atomtypes ]'
   
5. Invalid order for directive atomtypes

复制代码

请问报错如何修正呢？

Jotaro

wyfgg 发表于 2022-5-24 18:23
您好，我把三种单分子的top文件合并至mix.top，并引用了三者的itp文件，运行报错请问报错如何修正呢？

是将[ atomtypes ]一栏的内容剪切、粘贴到top里，删除重复定义的atomtype并将itp中的atomtype删除

xptracy

Jotaro 发表于 2022-6-4 22:16
是将[ atomtypes ]一栏的内容剪切、粘贴到top里，删除重复定义的atomtype并将itp中的atomtype删除

我也遇到 这样操作 出现Syntax error - File topol.top, line 3
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes

Jotaro

xptracy 发表于 2022-6-4 23:17
我也遇到 这样操作 出现Syntax error - File topol.top, line 3
Last line read:
'[ atomtypes ]'

按我说的修改