求助 comm-mode=linear

cmd27

   对于两个不同的非极性分子靠近的自由能图  软件gromacs2019.6-plumed-ips17   默认质心限制是整个系统消除平动   我发现不需要加熵校正  曲线在0.8nm之后就是平的  ； 而当我用comm-mode=linear  comm-grps=其中一个组    因为我还接了plumde 使跑MD两个分子距离不会太远   保证可以采到样   但是  我发现两个分子质心距离不变了  问题是出在我的版本问题嘛    对于两个相同的非极性分子靠近的自由能图   默认质心限制是整个系统消除平动  加熵校正和范德华力的曲线一致
    所以想问问各位老师   我到底是哪里出错了   

Acee

你好，加这个plumed主要有什么作用

cmd27

Acee 发表于 2022-5-23 14:15
你好，加这个plumed主要有什么作用

我是分了三段做的自由能曲线   用plumed限制两个分子的质心范围 （比如  4-7nm  6.5-9.5nm  9-12nm）  这样可以快速采样