求助：关于用VMD算RMSD与“观感”不符的问题

Trivers

各位老师好：
       我在研究不同使用VMD计算不同初猜构型优化出来的构型差异，但是计算结果和“观感”有比较明显的差异。结果如图。ABC三个不同的构型和同一个构型G0进行比较，从“观感”上，G0和A,B两种构型重叠程度较低，而G0和构型C之间重叠程度更高。但是计算结果显示，G0和构型C之间的RMSD比G0和B构型之间的RMSD更大，请问这是什么原因呢？
       我是按照卢天老师的博文进行操作的：http://sobereva.com/290，align步骤确定执行了。我用相同的操作对比同一个构型时，RMSD非常趋近于0。
       四种构型的附件已上传，麻烦老师们帮忙排查一下原因，谢谢！
     

wzkchem5

C其实差别挺大的，只不过几乎完全是左右方向的差别，很多蓝键和红键是部分重叠的，所以看起来不那么杂乱而已。好比原来有一个桌椅摆放整齐的教室，A和B里面桌椅全都掀倒了，乱七八糟的，但是大体都在原处；C里面桌椅仍然是整齐的，但是整体往前平移了3米，乃至最前面那排桌椅都被搬上讲台了。那么感官上会觉得C的变化最小，A和B的变化是天翻地覆的，但是算RMSD发现其实A、B的变化更小。

zjxitcc

我粗略扫了一眼，你G0与GC两个分子的序号没有一一对应，不能直接算RMSD。3~8号原子这个苯环上的序号是错乱对应的，常规RMSD要求用户提供的两个分子的序号是一一对应好的，G0的苯环6个碳不能随便对应GC的6个碳，要严格对应。在GaussView里Tools->Atom List找找reorder之类的，把序号重新编一下再比较。

我曾经在一个自动反应路径搜索的程序里贡献过一个可以自动调整序号的RMSD程序，对这种情况应该可以自动给出序号对应后的RMSD，可惜后来这个程序无人维护废弃了，也没开放。要是有时间重新把我写的部分拾起来开源一下就好了

Trivers

zjxitcc 发表于 2022-5-25 23:28
我粗略扫了一眼，你G0与GC两个分子的序号没有一一对应，不能直接算RMSD。3~8号原子这个苯环上的序号是错乱 ...

非常感谢！我把原子序号修改了一下，现在结果合理多了，之前应该是柔性扫描过程中苯环发生了翻转，导致原子序号的改变。

Trivers

wzkchem5 发表于 2022-5-25 23:23
C其实差别挺大的，只不过几乎完全是左右方向的差别，很多蓝键和红键是部分重叠的，所以看起来不那么杂乱而 ...

谢谢您的回复！调整原子序号后，问题得到了解决！