如何定量表征C=C键的伸缩振动幅度？

rabbit0602 · 发表于 Post on 2022-5-27 17:42:36

求助如何定量表征苯环在有无取代基的条件下，同一位置C=C键的伸缩振动幅度？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-27 18:04:29

方法一：跑一个AIMD，然后对C=C键键长作直方图，直方图分布越宽表示振动幅度越大。
方法二：按http://sobereva.com/364的方法计算C=C键的柔性力常数，柔性力常数越小表示振动幅度越大。
方法一的优点是可以考虑非谐性效应，缺点是比较费机时；方法二的优点是可以考虑零点振动，缺点是只能知道振动幅度的相对大小，如果要知道振动幅度的绝对大小还需要用谐振子模型的公式换算一下。

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-27 20:33:49

可以用Gaussian的BOMD功能跑准经典动力学，

之后用gview或GauMD2xyz（http://sobereva.com/126）结合VMD得到键长随时间的变化，再弄到诸如origin里做个数据的统计分析即可。

光是一个苯环，再加一个不是很大的取代基，在B3LYP/6-311G**这样常用级别跑足够统计键长振动范围的BOMD也花不了太多时间（在一般的服务器上）。

chands · 发表于 Post on 2022-5-27 21:17:26

sobereva 发表于 2022-5-27 20:33
可以用Gaussian的BOMD功能跑准经典动力学，

你开高级班了？

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