用gmx density计算膜密度前，将脂质分为头部和尾部出现错误

free3hao

请教各位大佬，使用genmixmem程序构建出磷脂双分子层，然后gmx density计算膜密度前，用gmx make_ndx将脂质分成头部和尾部，但是结构中有多种脂质分子，它们有些碳原子序号是重复的，用“> 4 & a N | a C11 | a C12 | a C13 | a C14 | a C15 | a P | a O11 | a O12 | a O13 | a O14”发现后面累加的原子都是128，但实际上4（DMPC）只有22个，而用“> 4 & a N | 4 & a C11 | 4 & a C12 | 4 & a C13 | 4 & a C14 | 4 & a C15 | 4 & a P | 4 & a O11 | 4 & a O12 | 4 & a O13 | 4 & a O14”发现原子没有进行累加，最后输出文件只有22个原子。

Frozen-Penguin

gromacs处理的优先级和你想要的不一样，而且make_ndx里面不能打括号，可以考虑设置多个group然后合并起来

例如：
4 & a N
4 & a C11
......
4 & a O14
23 | 24 | ......

free3hao

好的，谢谢了