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[GROMACS] 用gmx density计算膜密度前,将脂质分为头部和尾部出现错误

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发表于 Post on 2022-7-5 11:03:18 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 free3hao 于 2022-7-5 17:32 编辑

请教各位大佬,使用genmixmem程序构建出磷脂双分子层,然后gmx density计算膜密度前,用gmx make_ndx将脂质分成头部和尾部,但是结构中有多种脂质分子,它们有些碳原子序号是重复的,用“> 4 & a N | a C11 | a C12 | a C13 | a C14 | a C15 | a P | a O11 | a O12 | a O13 | a O14”发现后面累加的原子都是128,但实际上4(DMPC)只有22个,而用“> 4 & a N | 4 & a C11 | 4 & a C12 | 4 & a C13 | 4 & a C14 | 4 & a C15 | 4 & a P | 4 & a O11 | 4 & a O12 | 4 & a O13 | 4 & a O14”发现原子没有进行累加,最后输出文件只有22个原子。
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发表于 Post on 2022-7-5 16:33:04 | 显示全部楼层 Show all
gromacs处理的优先级和你想要的不一样,而且make_ndx里面不能打括号,可以考虑设置多个group然后合并起来

例如:
4 & a N
4 & a C11
......
4 & a O14
23 | 24 | ......

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-5 17:31:48 | 显示全部楼层 Show all
好的,谢谢了

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