关于gaussian结构优化之后分子结构变了，分子位置都错位的问题

文申的量子化学 · 发表于 Post on 2022-7-5 22:13:24

问题是：结构错位了，双键变4健，还有的分子跑出去，求这方面大神给解答一下。

，所用为植酸分子。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-5 23:00:17

初始结构不合理，所有磷都必须是四面体结构

文申的量子化学 · 发表于 Post on 2022-7-5 23:50:55

wzkchem5 发表于 2022-7-5 23:00
初始结构不合理，所有磷都必须是四面体结构

老师，可以给具体说说吗，我是用gview直接画的，然后用那个小刷子简单优化了结构，我就放入gaussian算了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-6 00:10:47

文申的量子化学发表于 2022-7-5 16:50
老师，可以给具体说说吗，我是用gview直接画的，然后用那个小刷子简单优化了结构，我就放入gaussian算了

那个刷子(clean)是以GaussView浅薄的化学知识给你做的自动调整，但是GaussView毕竟是按一些教条化的规则来判断结构是否合理的，难免会判断错。所以clean以后必须用肉眼检查结构是否确实合理。像你这里的结构就是有不合理之处，最右边的磷酸基团应该调成四面体构型，具体来说需要你手动通过调节相关的键角、二面角，把这个磷酸基团的结构调对。

QuantumicGuy · 发表于 Post on 2022-7-6 02:17:55

文申的量子化学发表于 2022-7-5 23:50
老师，可以给具体说说吗，我是用gview直接画的，然后用那个小刷子简单优化了结构，我就放入gaussian算了

可以试试用ChemDraw画结构，然后copy到Chem3D，用MM2预优化，另存为mol2文件，用GaussView另存为gjf文件，文本修改gjf文件命令

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-6 02:27:06

文申的量子化学发表于 2022-7-5 23:50
老师，可以给具体说说吗，我是用gview直接画的，然后用那个小刷子简单优化了结构，我就放入gaussian算了

学点结构化学知识，没基本化学常识做量子化学计算纯属胡算瞎算
初猜结构不需要精度多高，但起码得根据基本结构化学常识看不出显著、致命问题。PO4所有O都在一侧完全是荒诞的。不要以为只要化学组成正确，随便画一个结构就能给你优化到合理的构型去，量化计算没那么黑箱

文申的量子化学 · 发表于 Post on 2022-7-6 11:01:55

wzkchem5 发表于 2022-7-6 00:10
那个刷子(clean)是以GaussView浅薄的化学知识给你做的自动调整，但是GaussView毕竟是按一些教条化的规则 ...

好的，老师我好好思考一下

文申的量子化学 · 发表于 Post on 2022-7-6 11:02:34

sobereva 发表于 2022-7-6 02:27
学点结构化学知识，没基本化学常识做量子化学计算纯属胡算瞎算
初猜结构不需要精度多高，但起码得根据基 ...

好的教授，我好好思考一下

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