求助：npt的时候发生爆破

吧唧爱吃糖 · 发表于 Post on 2022-7-6 10:40:15

再做npt的时候发生爆破，提取了最后一帧轨迹做成gro文件，但是没有检查出哪里有错误，希望前辈指点，压缩包太大已经传了网盘，任何帮助不胜感激。

传输链接：https://cowtransfer.com/s/123d8fca13b942 或打开【奶牛快传】cowtransfer.com 使用传输口令：kf0yq9 提取；

lonemen · 发表于 Post on 2022-7-6 11:31:51

爆……爆……破？这么恐怖？

吧唧爱吃糖 · 发表于 Post on 2022-7-6 15:24:12

lonemen 发表于 2022-7-6 11:31
爆……爆……破？这么恐怖？

就是体系炸了。。。

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-7 04:05:57

我没时间细看，无外乎就是拓扑文件或mdp或结构文件有问题，照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里说的检查

wyfgg · 发表于 Post on 2022-7-14 14:30:43

本帖最后由 wyfgg 于 2022-7-14 14:33 编辑

不得不说，这个视觉效果真棒

不过你的这个top文件的[ molecules ]怎么看起来这么奇怪

牧生 · 发表于 Post on 2022-7-14 21:22:37

wyfgg 发表于 2022-7-14 14:30
不得不说，这个视觉效果真棒

不过你的这个top文件的[ molecules ]怎么看起来这么奇怪

我来帮他解释一下。
因为是将一个单胞扩展了，但又懒得去重新调顺序。于是就多次重复单胞中的两种物质的的顺序。

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[GROMACS] 求助：npt的时候发生爆破

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