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[GROMACS] 离子溶液使用pdb2gmx命令报错该怎么处理

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使用的是oplsaa力场,报错后看手册说是要添加新的残基类型(MOL),具体过程不知道如何进行

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发表于 Post on 2022-7-7 20:25:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2022-7-7 20:30 编辑

几乎可以解决一切问题
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

又菜又爱玩

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分子模拟晶戈

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发表于 Post on 2022-7-7 23:59:12 | 只看该作者 Only view this author
不要瞎用pdb2gmx,基本只有天然氨基酸能保证可以用pdb2gmx,其他都很有可能不行

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发表于 Post on 2022-7-8 04:15:33 | 只看该作者 Only view this author
必须搞清楚pdb2gmx的原理再去用,很多人居然以为pdb2gmx是个万能的黑箱,属于没有pdb2gmx的最基本常识
只有当输入的结构文件里的所有残基在rtp文件里都定义了,才能用pdb2gmx产生拓扑文件
GROMACS里自带的力场自带的rtp里基本只有标准氨基酸和核苷酸的残基,以及极个别小分子(如水分子)、离子的定义

小分子拓扑文件怎么产生看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-8 11:37:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-8 04:15
必须搞清楚pdb2gmx的原理再去用,很多人居然以为pdb2gmx是个万能的黑箱,属于没有pdb2gmx的最基本常识
只 ...

万分感谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-8 11:38:20 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-7-7 20:25
几乎可以解决一切问题
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谢谢 谢谢

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