gromacs模拟完以后，生成的xtc文件怎么去除水分子的轨迹呢

Arimakousei · 发表于 Post on 2022-8-3 10:45:24

请问各位，gromacs模拟完以后，生成的xtc文件怎么去除水分子的轨迹呢

牧生 · 发表于 Post on 2022-8-3 11:34:49

gmx trjconv -f md.xtc -o new.xtc -s md.tpr -pbc whole

选择除水以外的部分

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-8-3 11:35:51

gmx trjconv -f ...xtc -s ...tpr -o ...xtc，然后选择non-Water输出

Arimakousei · 发表于 Post on 2022-8-3 12:05:43

牧生发表于 2022-8-3 11:34
gmx trjconv -f md.xtc -o new.xtc -s md.tpr -pbc whole

选择除水以外的部分

好的，感谢

Arimakousei · 发表于 Post on 2022-8-3 12:06:08

牧生发表于 2022-8-3 11:34
gmx trjconv -f md.xtc -o new.xtc -s md.tpr -pbc whole

选择除水以外的部分

感谢

mtlin · 发表于 Post on 2024-2-21 19:54:59

那请问导入这个轨迹的时候是依旧导入到md.gro里面吗？我导入进去之后轨迹依旧是只有一帧，但看new.xtc有几十mb了，绝对不止一帧，所以我想问这个新的xtc导入哪里可以看？还有就是tpr也可以输出没有水的吗

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