constant-force拉A组必须需要定义两个组（A组、B组）并且把B组冻结吗？

Norman

请问使用constant-force拉A组 ，为什么需要定义两个组（A、B）并且把B组冻结？是因为新版Gromacs中的pull-coord1-groups才需要定义两个组的吗？谢谢。


以下内容来源：关于gmx的pull代码 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)
; Pull code
pull                    = yes                                 ; Pull start
pull_ngroups            = 2                               ; The number of pull groups
pull_ncoords            = 1                               ; The number of pull coordinates
pull_group1_name        = A                          ; The name of the pull group
pull_group2_name        = B                          ; The name of the pull group （It is frozen here）
pull_coord1_type        = constant-force          ; Center of mass pulling using a linear potential and therefore a constant force
pull-coord1_geometry    = direction-periodic   ; As direction, but allows the distance to be larger than half the box size
pull_coord1_dim         = Y N N                      ; the distance components to be used with geometry distance
pull_coord1_vec         = 1.0 0.0 0.0               ; Pull direction
pull_coord1_k           = 1000                        ; pulling force kJ mol^-1 nm^-1
pull-coord1-groups      = 1 2                        ; The two groups indices should be given on which this pull coordinate will operate
pull-nstxout            = 10                             ; frequency for writing out the COMs of all the pull group
pull-nstfout            = 1                               ; frequency for writing out the force of all the pulled grou

Frozen-Penguin

https://manual.gromacs.org/curre ... ables-the-pull-code
不论pull_coord1_type设置为什么，pull引入的能量项都是根据两组的质心距离（不包括角度和二面角的情况）而不是一组的质心坐标计算的。