RMSD值变化分析求助

dzdhp · 发表于 Post on 2022-9-15 10:17:48

如图左边是蛋白质rmsd，右边是配体相对于蛋白rmsd，两个最后都趋于平稳，但是他们的值跟文献里差的有点大，文献里一般都在0.15nm左右，我这个跑到2去了。请问各位老师我这样的数据是正常的吗，rmsd是看整体趋于平稳还是要结合数值大小一起看。

casea · 发表于 Post on 2022-9-15 12:06:41

看整体趋于平稳，数值大小和你选择的参考结构有关

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-15 22:08:27

体系本身的柔性，以及被计算的对象（骨架，还是把侧链一起考虑，等），模拟的条件（如温度）等都会影响RMSD达到平稳时数值的大小。当前的图本身没什么必然问题，和文献里计算条件、体系不同就没有在绝对值上的可比性

dzdhp · 发表于 Post on 2022-9-16 10:37:16

casea 发表于 2022-9-15 12:06
看整体趋于平稳，数值大小和你选择的参考结构有关

好的，谢谢谢谢

dzdhp · 发表于 Post on 2022-9-16 10:37:40

sobereva 发表于 2022-9-15 22:08
体系本身的柔性，以及被计算的对象（骨架，还是把侧链一起考虑，等），模拟的条件（如温度）等都会影响RMSD ...

谢谢社长解答

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