选择服务器CPU配置，主要用于运行gaussian 09 EM64T 计算

drdavis · 发表于 Post on 2016-5-6 22:52:45

大家好：最近课题组要购进一台2U机架式服务器(Intel CPU)，本人纠结于参数对比的问题，还望不吝赐教。
基本情况：不用考虑夸节点的并行问题；主要用途是gaussian 09 EM64T 计算：针对单个任务计算量大的情况，比如post-HF(e.g. CCSD)、TD-DFT的优化和数值频率等。
问题：1、对于以上类型的gaussian计算任务，听说好像有计算效率的问题。所以请教：价位一定的情况下，CPU的主频、核心数两个参数哪个更重要呢？下边是拟定的几种CPU方案：

(1) 2颗 Intel Xeon E5-2667 v4: 3.2GHz, 25M 缓存, 9.60GT/s, 8C/16T, 最大内存 2400MHz
(2) 2颗 Intel Xeon E5-2680 v4: 2.4GHz, 35M 缓存, 9.60GT/s, 14C/28T, 最大内存 2400MHz
(3) 2颗 Intel Xeon E5-2683 v4: 2.1GHz, 40M 缓存, 9.60GT/s, 16C/32T, 最大内存 2400MHz

问题：2、Linux下：gaussian 09 EM64T单个任务推荐%nproc是多少呢，是不是只要不超过服务器物理核心数，效率就还可以？最大的单个任务增加核心数，计算时间会按照比例减少吗？

问题：3、内存的情况：4*16GB的内存，单个任务内存设置超过16GB会大大削减计算效率吗？

问题：4、对这种产生很大的*.rwf文件的任务来说，硬盘RPM(7.2K，10K，15K)对机时的影响大吗？

网上也搜过不少信息，已然是对gaussian适应的参数难以判断，关于解决方案，请大家多多发表建议。谢谢，谢谢！！

stm8150 · 发表于 Post on 2016-5-7 07:37:41

核数重要

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-5-7 08:44:30

问题2：不可能随核增加按比例减少（并行效率100%）
问题3：不会

drdavis · 发表于 Post on 2016-5-7 11:45:07

stm8150 发表于 2016-5-7 07:37
核数重要

嗯啊，谢谢回复。gaussian运行的话更侧重于核数吗，特别是针对单个任务来讲~

drdavis · 发表于 Post on 2016-5-7 11:48:45

liyuanhe211 发表于 2016-5-7 08:44
问题2：不可能随核增加按比例减少（并行效率100%）
问题3：不会

谢谢。之前考虑了这一点，到底并行效率有多差，然后就关系到到底是8*3.2GHz还是14*2.4GHz好的问题；另外问题1中的L3缓存大小对gaussian影响不大吧~

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-5-7 12:07:18

drdavis 发表于 2016-5-7 11:48
谢谢。之前考虑了这一点，到底并行效率有多差，然后就关系到到底是8*3.2GHz还是14*2.4GHz好的问题；另外 ...

不同任务结论不同。
yjcmwgk对单任务、单点SCF做过测试，http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=581
我做过DFT基态opt+freq的单任务和多任务的并行测试：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2232

我个人没见过测post-HF的。

drdavis · 发表于 Post on 2016-5-7 12:44:30

liyuanhe211 发表于 2016-5-7 12:07
不同任务结论不同。
yjcmwgk对单任务、单点SCF做过测试，http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthr ...

信息挺全的，很受益！我现在倾向于XEON 2667和2680的CPU，第三个配置的主频太低，纵使单任务%nproc=32(2颗CPU的物理核心)，也是担心会影响计算速度、效率。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-5-7 13:04:06

drdavis 发表于 2016-5-7 12:44
信息挺全的，很受益！我现在倾向于XEON 2667和2680的CPU，第三个配置的主频太低，纵使单任务%nproc=32(2 ...

其实个人感觉v4可能有些浪费，测过v3相对v2的类似配置提升不太明显，但配起来贵好多。不知道v4相对v3和v2差多少。

drdavis · 发表于 Post on 2016-5-7 16:03:12

liyuanhe211 发表于 2016-5-7 13:04
其实个人感觉v4可能有些浪费，测过v3相对v2的类似配置提升不太明显，但配起来贵好多。不知道v4相对v3和v2 ...

我也好奇怪的一个问题，我从Intel官网上看到的价格是一致的，比如说2680，v4、v3版本都是$1740-1750。不知道服务器商家会不会区分这个价格，还没问商家。架构方面broadwell和haswell跑gaussian差不多吧？另外L1\L2\L3缓存的大小重要吗~

sobereva · 发表于 Post on 2016-5-14 19:06:17

1 频率重要，因为高斯并行效率在核数很多的时候并不理想。但频率很高的CPU性价比又低，所以要权衡考虑。

2 不超过物理核数就行。肯定不会按比例减少。

3 不会

4 会有不小影响。你也可以用SSD，平价SSD产品持续读写速度也比目前最快的15k机械硬盘快一些。

sobereva · 发表于 Post on 2016-5-14 19:09:00

drdavis 发表于 2016-5-7 16:03
我也好奇怪的一个问题，我从Intel官网上看到的价格是一致的，比如说2680，v4、v3版本都是$1740-1750。不 ...

那只是intel千颗批量出货价，实际商家卖的价格可能会差不少。所以最好以淘宝上的平均价格为准。
这两种架构性能基本没什么改变，主要就是工艺从22nm提升到了14nm，同样性能下功耗能下去一些。缓存不是关键的事，自己不用太关注，intel设计服务器CPU的时候缓存都是基本正比于核数的，已经考虑周到了。

yjcmwgk · 发表于 Post on 2016-5-14 21:38:19

stm8150 发表于 2016-5-7 07:37
核数重要

恰恰相反

yjcmwgk · 发表于 Post on 2016-5-14 21:42:10

drdavis 发表于 2016-5-7 16:03
我也好奇怪的一个问题，我从Intel官网上看到的价格是一致的，比如说2680，v4、v3版本都是$1740-1750。不 ...

http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2426
我的经历哈哈

drdavis · 发表于 Post on 2016-5-15 00:14:48

sobereva 发表于 2016-5-14 19:06
1 频率重要，因为高斯并行效率在核数很多的时候并不理想。但频率很高的CPU性价比又低，所以要权衡考虑。

...

谢谢详细地解答，我初步定2687W v3或者v4版本，内存是4*16G。厂家给我做的报价大概6.9万，希望政采竞价能低于6万~~

drdavis · 发表于 Post on 2016-5-15 00:16:47

yjcmwgk 发表于 2016-5-14 21:42
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2426
我的经历哈哈

嗯啊，核数多是一次性运行更多的任务，频率高是单个任务明显加快，然后我琢磨着二者均衡，目前就定2687W了，然而得等基金的钱正式下来再说~~

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