posre.itp怎么使用？

bingzan · 发表于 Post on 2022-9-21 20:32:44

本帖最后由 bingzan 于 2022-9-21 21:13 编辑

各位老师好，我在模拟多肽和膜体系，需要先控制膜不动。膜是由42个DMPC 和 14个DMPG构成的，我分别用pdb2gmx得到了DMPC和DMPG各自的itp和posre.itp文件。现在直接用em.mdp文件，进行gmx grompp命令，应该得到脂质没有移动才对。但是我发现两个组分的脂质都有很大的移动，我认为这说明posre文件没有发挥作用。请问是哪里错了导致gromacs没有用上posre文件呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-21 20:38:30

很莫名其妙，怎么DMPC.itp 里还有
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif

碰到莫名其妙的问题总是先把问题简化，直接把[ position_restraints ]写到磷脂的itp文件里，甭用define之类，多余的字段都删了

bingzan · 发表于 Post on 2022-9-21 21:12:18

sobereva 发表于 2022-9-21 20:38
很莫名其妙，怎么DMPC.itp 里还有
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"

谢谢！我按照您指导的改了（附件已更新），但还是发现磷脂有移动，请问是还有哪里我没有注意到呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-21 22:23:43

bingzan 发表于 2022-9-21 21:12
谢谢！我按照您指导的改了（附件已更新），但还是发现磷脂有移动，请问是还有哪里我没有注意到呢？

直接跑动力学，看看什么情况

bingzan · 发表于 Post on 2022-9-21 22:45:36

sobereva 发表于 2022-9-21 22:23
直接跑动力学，看看什么情况

好的，我先跑上看看情况。谢谢老师指点！我想了一下，可能是因为多肽在膜一侧进入会产生质量不平衡，磷脂就会动到另一侧去。

1015866003 · 发表于 Post on 2024-5-5 16:44:01

借楼问一下楼主，DMPC.itp这个文件末尾的[ position_restraints ]部分是原子坐标全为1000吗？谢谢

dandanhu · 发表于 Post on 2024-9-5 10:24:02

1015866003 发表于 2024-5-5 16:44
借楼问一下楼主，DMPC.itp这个文件末尾的[ position_restraints ]部分是原子坐标全为1000吗？谢谢

这是指在 x、y 和 z 方向施加的力常数为 1000 kJ/mol/nm²

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