计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2773|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 有什么力场能比较理想描述蛋白与钙离子相互作用?

[复制链接 Copy URL]

188

帖子

0

威望

1498

eV
积分
1686

Level 5 (御坂)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
     各位老师,想问一个问题。最近在做外场对钙离子与蛋白质的结合影响的研究。现在使用Amber14SB力场,但是模拟的结果与原始pdb文献里实验测试结论对不上,排除其他环境条件影响后,想问下是不是这个力场描述钙离子与蛋白相互作用不太理想呢?
     还有什么力场能比较理想描述蛋白与钙离子相互作用呢?
顶天立地,树德明智,奋斗创新

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-9-27 10:09:59 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “描述离子与蛋白质相互作用的力场” 改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2022-9-27 10:11:04 | 只看该作者 Only view this author
没有证据表明AMBER14SB不适合这种问题
你也可以尝试CHARMM36m,如果也这样,更大的可能性是其它方面的问题而不是力场的问题,或者不可极化力场也只能描述成那样
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

188

帖子

0

威望

1498

eV
积分
1686

Level 5 (御坂)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-27 10:53:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-27 10:11
没有证据表明AMBER14SB不适合这种问题
你也可以尝试CHARMM36m,如果也这样,更大的可能性是其它方面的问题 ...

感谢社长指点,我试下!
顶天立地,树德明智,奋斗创新

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 16:49 , Processed in 0.154682 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list