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[GROMACS] 求助gromacs模拟药剂在云母表面吸附的问题

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楼主
想要借助gromacs模拟药剂在云母表面吸附,现能通过MS将云母层-药剂+水混合层-云母层通过MS建模,但是不清楚如何将模型放入gromacs跑动力学,如何产生力场文件,期待并感谢各位老师予以指导。

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发表于 Post on 2022-10-10 14:15:33 | 只看该作者 Only view this author
云母部分的拓扑文件可以考虑用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生,看里面二氧化硅的例子,用的参数看相关文献,INTERFACE力场大抵可以描述。药剂如果是有机小分子,就用sobtop产生基于GAFF的拓扑文件。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-10 15:52:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-10 14:15
云母部分的拓扑文件可以考虑用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生,看里面二氧化硅的例子,用 ...

好的,感谢老师解答,我试一下。

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发表于 Post on 2023-3-1 21:12:03 | 只看该作者 Only view this author
您好,我也在做吸附模拟,用的GMX,但是在力场文件、拓扑文件上面有很多疑惑,可以一起交流学习一下吗

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