在VMD中采用tcl脚本为碳环（全碳环，苯环）内部填充颜色

liucw

###绘制颜色设置为红色red

draw color red

###在vmd中按碳环的顺序为原子编号index 365 430 231 447 121 527 分别是碳原子的index

proc dr {C1 C2 C3 C4 C5 C6} {

set 1 $C1

set 2 $C2

set 3 $C3

set 4 $C4

set 5 $C5

set 6 $C6

###将index编号365 430 231 447 121 527 的原子创建研究对象 $sel;

set sel [atomselect top "index $1 or index $2 or index $3 or index $4 or index $5 or index $6"]

###利用$sel get命令得到各原子坐标

set s1 [atomselect top "index $1"]

set s2 [atomselect top "index $2"]

set s3 [atomselect top "index $3"]

set s4 [atomselect top "index $4"]

set s5 [atomselect top "index $5"]

set s6 [atomselect top "index $6"]

###利用measure center $sel命令得到质心坐标；weight mass质心，若不加，则为几何中心；

set com [measure center $sel weight mass]

###利用lindex selection0 num 命令得到x y z 的值；

set xq [lindex $com  0]

set yq [lindex $com  1]

set zq [lindex $com  2]

set ss1 [lindex [$s1 get {x y z}] 0]

set ss2 [lindex [$s1 get {x y z}] 1]

set ss3 [lindex [$s1 get {x y z}] 2]

set ss4 [lindex [$s2 get {x y z}] 0]

set ss5 [lindex [$s2 get {x y z}] 1]

set ss6 [lindex [$s2 get {x y z}] 2]

set ss7 [lindex [$s3 get {x y z}] 0]

set ss8 [lindex [$s3 get {x y z}] 1]

set ss9 [lindex [$s3 get {x y z}] 2]

set ss10 [lindex [$s4 get {x y z}] 0]

set ss11 [lindex [$s4 get {x y z}] 1]

set ss12 [lindex [$s4 get {x y z}] 2]

set ss13 [lindex [$s5 get {x y z}] 0]

set ss14 [lindex [$s5 get {x y z}] 1]

set ss15 [lindex [$s5 get {x y z}] 2]

set ss16 [lindex [$s6 get {x y z}] 0]

set ss17 [lindex [$s6 get {x y z}] 1]

set ss18 [lindex [$s6 get {x y z}] 2]

###分别以六边形一条边上的两个原子和质心画一个三角形平面，绘制六组三角形，自此六边碳环被填充完毕！

draw triangle "$xq $yq $zq" "$ss1 $ss2 $ss3" "$ss4 $ss5 $ss6"

draw triangle "$xq $yq $zq" "$ss7 $ss8 $ss9" "$ss4 $ss5 $ss6"

draw triangle "$xq $yq $zq" "$ss7 $ss8 $ss9" "$ss10 $ss11 $ss12"

draw triangle "$xq $yq $zq" "$ss10 $ss11 $ss12" "$ss13 $ss14 $ss15"

draw triangle "$xq $yq $zq" "$ss13 $ss14 $ss15" "$ss16 $ss17 $ss18"

draw triangle "$xq $yq $zq" "$ss1 $ss2 $ss3" "$ss16 $ss17 $ss18"

}

suihg

收藏了

xiaoj

您好，请问对于碳环数量如何统计？比如五元碳环、六元碳环等。谢谢！

sobereva

xiaoj 发表于 2023-10-23 21:50
您好，请问对于碳环数量如何统计？比如五元碳环、六元碳环等。谢谢！

如下文所说ringsize 5 from AAA选择语句选中的是处于AAA中五元环上的原子。获取相应的原子数，除以5就是这个区域里五元环数目


VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

xiaoj

sobereva 发表于 2023-10-24 04:55
如下文所说ringsize 5 from AAA选择语句选中的是处于AAA中五元环上的原子。获取相应的原子数，除以5就是 ...

感谢您的回复。您的博文我看过，通过ringsize/maxringsize可以筛选不同的碳环并着色。但是有两个问题：一是在此基础上是如何获取对应的原子数；二是如果两个碳环共用碳原子的情况，比如石墨烯结构，原子数/5应该不等于五元环数目。谢谢。

sobereva

xiaoj 发表于 2023-10-24 08:53
感谢您的回复。您的博文我看过，通过ringsize/maxringsize可以筛选不同的碳环并着色。但是有两个问题：一 ...

把五元环上的原子作为atomselect对象选中后，就可以得到它们的序号。如果一个原子同时和三个其它这些原子成键，说明是被两个或三个环共享的。再根据它所相连的其它原子与几个这类原子相连，就能判断当前原子是被两个还是三个环共享，等等。诸如此般，被n个环共享的原子就当做有n个，然后再除以5即可。

lyj714

xiaoj 发表于 2023-10-23 21:50
您好，请问对于碳环数量如何统计？比如五元碳环、六元碳环等。谢谢！

可以自行基于vmd的tcl写脚本程序来进行识别，不过需要有一定的编程基础。

xiaoj

sobereva 发表于 2023-10-25 00:40
把五元环上的原子作为atomselect对象选中后，就可以得到它们的序号。如果一个原子同时和三个其它这些原子 ...

谢谢老师，基本思路我了解了。

xiaoj

lyj714 发表于 2023-10-25 11:20
可以自行基于vmd的tcl写脚本程序来进行识别，不过需要有一定的编程基础。

我也知道基于tcl脚本写。

biancheng159

dr 365 430 231 447 121 527一次只能着色一个环？
若对于大体系结合ringsize/maxringsize筛选不同碳环并快速着上不同色，如何实现呢？