多个配体的簇模型的振动分析问题

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-10-26 10:50:16

本帖最后由 uenh1998 于 2022-10-26 11:31 编辑

如图所示是两个配体存在时的簇模型，由VMD导出。绿色为两个配体。

，总共300个左右原子
有个问题是，在冻结边界残基碳骨架、进行优化振动分析后，能否只绘制某个配体的振动谱呢。因为分子动力学模拟中我得到了某个配体的偶极矩，进而得到了其振动谱。所以想通过量化方法的结果来对比一下。还有个问题：簇模型优化、振动分析时应该要加SCRF关键词考虑溶剂效应吧。
感谢社长和各位老师！

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-10-26 11:22:12

本帖最后由大头攒毛于 2022-10-26 11:24 编辑

你这多少个原子？服务器能算得动吗？
文献中提到的方法：是先在气相下优化，然后在隐式溶剂模型（eps=4）下，进行单点计算

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-10-26 11:29:47

本帖最后由 uenh1998 于 2022-10-26 11:33 编辑

大头攒毛发表于 2022-10-26 11:22
你这多少个原子？服务器能算得动吗？
文献中提到的方法：是先在气相下优化，然后在隐式溶剂模型（eps=4） ...

这个是我一开始放上去的结构，后面我减少了一下原子数，300个左右。想问的问题是一样的，原帖图片已修改你提到的方法我跟你想的一致

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-10-26 16:10:20

我的簇模型276个原子，服务器算得太慢。我想着是不是需要减少一下原子数

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-26 16:17:01

1 一种做法是freq的时候把不感兴趣的地方冻结，那些原子对Hessian将不产生贡献，在谱图里也不体现。但这样会忽略感兴趣和不感兴趣区域间的耦合，物理意义不严格。另一种做法是用Multiwfn绘制partial vibrational spectrum，可以定义片段，获得此片段对整个簇光谱的贡献曲线。

2 带上溶剂模型有益。不一定是为了表现溶剂效应，用很低的eps也可以近似表现周围的蛋白质环境效应

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-10-26 20:42:53

sobereva 发表于 2022-10-26 16:17
1 一种做法是freq的时候把不感兴趣的地方冻结，那些原子对Hessian将不产生贡献，在谱图里也不体现。但这样 ...

谢谢社长，我试试利用Muitiwfn方法

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-10-27 09:27:39

谢谢社长

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[综合交流] 多个配体的簇模型的振动分析问题