求助：UFF力场不能在gromacs中使用吗？

落伦丹的秋天 · 发表于 Post on 2022-10-27 10:46:31

我查看了一下uff力场的那个文献发现它里面LJ势力函数形式是这样的

和gromacs中的函数形式不一样，那是不是说明uff力场不能在gromacs中使用啊？如果要使用的话可以经过一定变换以后使用吗？咋变换呢？

牧生 · 发表于 Post on 2022-10-27 10:53:29

http://sobereva.com/soft/Sobtop/

直接抄作业，在LJ_param

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-27 12:11:31

参数可以转换成gmx支持的形式。sobtop能产生基于UFF力场的gmx拓扑文件就是这个道理

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-10-27 12:49:33

sobereva 发表于 2022-10-27 12:11
参数可以转换成gmx支持的形式。sobtop能产生基于UFF力场的gmx拓扑文件就是这个道理

那现在OBGMX还需要用嘛

落伦丹的秋天 · 发表于 Post on 2022-10-27 17:52:08

sobereva 发表于 2022-10-27 12:11
参数可以转换成gmx支持的形式。sobtop能产生基于UFF力场的gmx拓扑文件就是这个道理

卢老师，现在我就是不知道咋换算，gromacs的lennardjones势中的ε和σ，和我上面图里UFF力场的参Dij和Xij具体怎么换算，能指教一下吗？

落伦丹的秋天 · 发表于 Post on 2022-10-27 18:07:05

sobereva 发表于 2022-10-27 12:11
参数可以转换成gmx支持的形式。sobtop能产生基于UFF力场的gmx拓扑文件就是这个道理

啊，我会了，稍微变换下就行，谢谢卢老师

落伦丹的秋天 · 发表于 Post on 2022-10-27 18:19:41

牧生发表于 2022-10-27 10:53
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

直接抄作业，在LJ_param

谢谢兄弟，完了我和我自己算的比较一下

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-28 06:20:38

喵星大佬发表于 2022-10-27 12:49
那现在OBGMX还需要用嘛

OBGMX仍有一定价值。它可以给出基于UFF的bonded项的拓扑文件，而由于UFF的bonded形式在gromacs里不完全支持，OBGMX还会自动做个近似处理，详见其原文Journal of Computational Chemistry 2012, 33, 2204–2208。

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